ATAC-seq

ATAC-seq技术,全称为:Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing),是2013年由斯坦福大学William J. GreenleafHoward Y. Chang实验室开发的一种用于研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法(Buenrostro, Giresi, Zaba, Chang, & Greenleaf, 2013)

该方法通过超活化Tn5转座酶将序列接头插入到染色质开放区域,然后通过DNA测序数据分析推断染色质各区域的可及性、转录因子结合位点以及核小体位置。ATAC-seq可以在全基因组范围快速灵敏地检测染色质可及性。

相比传统方法,ATAC-seq的结果具有很强的一致性,同时也和基于组蛋白修饰markerChIP-seq有较高的吻合程度。另外,ATAC-seq的重复性,比MNase-seqDNase-seq的更强,操作起来也更加简单,细胞或组织的需求量较少,出来的信号更加漂亮。已是目前研究染色质开放性首选的技术方法。