• eRNA（enhancer-derived RNA）是一类被定义为转录于基因组上增强子（enhancer）区域的RNA。早期研究发现基因组上基因外（extragenic）及基因间区（intergenic）的DNA也可以转录出RNA，其中部分转录本转录于推定的具有活性的增强子区域。多数源于增强子的RNA丰度很低，一些活性增强子在细胞中平均产生1.3个转录本。eRNA相当短，长度在500bp到5kb之间，属于lncRNA，且多数情况下是双向转录的。

    早期研究认为增强子转录的RNA（eRNA）是由enhancer折叠到靶基因promoter附近时，招募的RNA聚合酶II结合产生的噪音，作为一种转录调控的副产物，因此eRNA的定义与功能尚不明确，是目前新兴的研究对象之一。

    eRNA-seq

  • 对于RNA-Seq数据，首先利用fastqc软件对原始数据进行质量评估；再使用STAR软件将原始数据比对到参考基因组；然后用cuffdiff软件分别对每例样本进行表达量计算，并对基因进行注释，差异基因分析（比较不同组之间的差别）。

     

    随后通过R包（如DEseq2，edgeR等），对差异基因数据进行进一步分析，并对靶基因进行GO和KEGG富集分析。

    分析流程

    构建eRNA-seq文库，主要分为以下几步：

    1、提取总RNA

    2、反转录成cDNA

    3、磁珠纯化cDNA

    4、末端补平

    5、连接测序接头

    6、PCR扩增

    7、磁珠纯化DNA

    8、上机测序

    文库构建

  • 2019年10月，《Nature Communications》刊发了德克萨斯大学休斯敦健康研究中心的韩冷、李文博课题组合作的研究成果。该研究构建了迄今为止最完整的癌症增强子RNA(eRNA)图谱，并揭示了eRNA在癌症临床中的潜在应用。

     

     

    该项研究通过在约1万名癌症病人及约1000个癌症细胞系中检测eRNA的表达用于构建癌症eRNA图谱，揭示了eRNA的癌症特异性表达/癌症种系特异性表达的特征，同时强调了eRNA作为生物标记物在不同类型癌症临床上的应用。

    通过研究eRNA与转录因子之间的共表达关系，发现eRNA的特异性表达与转录因子特异性调控密切相关。分析eRNA与编码基因之间的基因组距离及表达相关性并结合多组Hi-C数据加以佐证，该研究构建了eRNA的调控网络，揭示了eRNA在调控致癌信号通路及调节癌症临床治疗基因中的关键作用。此外，该研究通过调查eRNA与抗癌化合物之间的关系，首次证实eRNA可影响癌症细胞对抗癌药物的敏感性和抵抗性，且该影响可能会关联到相关的一条或多条癌症信号通路。这项研究拓展了该领域对癌症基因转录调控的认知，探索了基于靶向eRNA的癌症治疗及联合治疗方案，开拓了癌症治疗新思路。

  • RNA样品

    Total RNA: ≥10ug

     

     

     

    细胞或组织

     

    细胞量 ≥40million

     

    动物组织量 ≥1g，植物组织量 ≥3g

     

    建议样品制备 2~3 份，具体细节详询销售。