转录组测序利器
eRNA-seq
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eRNA(enhancer-derived RNA)是一类被定义为转录于基因组上增强子(enhancer)区域的RNA。早期研究发现基因组上基因外(extragenic)及基因间区(intergenic)的DNA也可以转录出RNA,其中部分转录本转录于推定的具有活性的增强子区域。多数源于增强子的RNA丰度很低,一些活性增强子在细胞中平均产生1.3个转录本。eRNA相当短,长度在500bp到5kb之间,属于lncRNA,且多数情况下是双向转录的。
早期研究认为增强子转录的RNA(eRNA)是由enhancer折叠到靶基因promoter附近时,招募的RNA聚合酶II结合产生的噪音,作为一种转录调控的副产物,因此eRNA的定义与功能尚不明确,是目前新兴的研究对象之一。
eRNA-seq
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2019年10月,《Nature Communications》刊发了德克萨斯大学休斯敦健康研究中心的韩冷、李文博课题组合作的研究成果。该研究构建了迄今为止最完整的癌症增强子RNA(eRNA)图谱,并揭示了eRNA在癌症临床中的潜在应用。
该项研究通过在约1万名癌症病人及约1000个癌症细胞系中检测eRNA的表达用于构建癌症eRNA图谱,揭示了eRNA的癌症特异性表达/癌症种系特异性表达的特征,同时强调了eRNA作为生物标记物在不同类型癌症临床上的应用。
通过研究eRNA与转录因子之间的共表达关系,发现eRNA的特异性表达与转录因子特异性调控密切相关。分析eRNA与编码基因之间的基因组距离及表达相关性并结合多组Hi-C数据加以佐证,该研究构建了eRNA的调控网络,揭示了eRNA在调控致癌信号通路及调节癌症临床治疗基因中的关键作用。此外,该研究通过调查eRNA与抗癌化合物之间的关系,首次证实eRNA可影响癌症细胞对抗癌药物的敏感性和抵抗性,且该影响可能会关联到相关的一条或多条癌症信号通路。这项研究拓展了该领域对癌症基因转录调控的认知,探索了基于靶向eRNA的癌症治疗及联合治疗方案,开拓了癌症治疗新思路。