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5'scRNA-seq 主要针对细胞中 mRNA 的 5' 端进行测序。与 3'scRNA-seq 类似,在细胞裂解后,通过特定的方法捕获 mRNA 的 5' 端序列信息,并进行逆转录和文库构建,最后通过高通量测序获得每个细胞中基因的 5' 端表达情况。
5'scRNA-seq
Single-cell Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing。即 “单细胞转座酶可接近性染色质测序”。该技术通过对单个细胞的染色质可及性进行高通量测序,能够在单细胞水平上揭示染色质的开放状态和调控元件的活性,进而了解细胞的转录调控网络和细胞类型特异性的调控机制。它为研究细胞异质性、发育过程、疾病发生等提供了重要的手段。
scATAC-seq
Single-cell Variable (Diversity) Joining sequencing。即 “单细胞可变(多样)连接区测序”。该技术可以在单个细胞水平上对免疫细胞受体的可变(V)、多样(D)和连接(J)区进行高通量测序,从而分析免疫细胞的克隆多样性、发育轨迹以及对特定抗原的响应等,对于研究免疫系统的功能和疾病状态下的免疫反应具有重要意义。
scV(D)J-seq
scCUT&Tag 即单细胞 CUT&Tag,是一项聚焦单细胞层面,研究染色质修饰和蛋白质 - DNA 相互作用的前沿技术。它先让针对目标蛋白的一抗与细胞内目标蛋白特异性结合,再引入二抗放大信号,借助与 Protein A 或 G 融合的 Tn5 转座酶,在目标蛋白结合的染色质区域进行切割,同时插入测序接头 DNA 片段。之后,利用如 10x Genomics 的 Chromium 平台捕获单细胞,为每个细胞的 DNA 片段加上独特 barcode 标签,便于区分,纯化标记 DNA 片段、PCR 扩增构建测序文库后,开展高通量测序。
scCUT&Tag
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