环状DNA是自然界中普遍存在的一种DNA分子形式，例如细菌基因组DNA、质粒以及线粒体DNA等。在真核生物中，还存在一类特殊的环状DNA分子。这类分子从正常基因组中分离或脱落，在染色体基因组之外以游离状态存在，并通过特殊机制参与生理或病理过程。由于它们独立于染色质之外，因此被称为染色体外DNA（ecDNA）。因为大多数这类分子呈现环状结构，所以又被称作染色体外环状DNA（eccDNA）。目前，研究eccDNA的一项重要技术手段是Circle-seq技术。

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01-Circle-seq

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02-RIC-seq

        RNA结构在基因表达调控中起着至关重要的作用。在细胞中，大部分RNA能够通过分子内部的碱基配对形成二级结构，并且在RNA结合蛋白（RBP）的帮助下折叠成更为复杂的三级结构。这些高度结构化的RNA可以通过与其它RNA分子相互作用来实现生物学调控功能。因此，要研究RNA的功能机制，关键在于解析细胞内RNA在其原始位置的高级结构以及它们的作用目标。

      ATAC-seq技术，全称为转座酶可及性染色质高通量测序分析，是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的一种研究方法。该技术主要用于探究染色质的可及性，即染色质的开放程度。通过这一技术，研究人员能够更深入地了解基因调控机制。

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03-ATAC-seq

        CUT&Tag（Cleavage Under Targets and Tagmentation）是一种研究蛋白质与DNA相互作用的新方法。该技术通过分子生物学手段，将高活性的Tn5转座酶与Protein A融合，并装载建库接头引物，形成pA-Tn5转座复合物。在抗体的引导下，这一复合物能够特异性地靶向切割目标蛋白附近的DNA序列。这种方法为蛋白质-DNA互作研究提供了高效且精准的解决方案。

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04-CUT&Tag

        染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）是一种研究蛋白质与DNA相互作用的技术，结合ChIP和NGS，识别全基因组范围内的蛋白结合位点。步骤包括固定DNA-蛋白质复合体、用特异性抗体捕获、分离蛋白质并提取DNA片段，最后进行高通量测序。相比ChIP-chip，ChIP-seq更高效、覆盖广，是表观遗传学研究的重要工具。

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05-ChIP-seq

        CUT&Tag技术相较于传统的ChIP-Seq，无需进行交联和超声打断操作，有效避免了抗原决定簇被遮盖以及样本损失的问题，从而提高了信噪比，并且所需细胞量更少，最低可至60个细胞。与CUT&Run相比，CUT&Tag在pA-Tn5转座复合物切割时直接在片段两端加上接头序列，能够直接进行PCR建库，无需末端修复和平滑处理以及接头连接等复杂步骤，显著节省了时间和成本。 CUT&Tag技术可以用于全基因组范围内检测组蛋白、RNA聚合酶II以及转录因子等蛋白质结合的DNA区域，广泛应用于临床和科研领域的表观遗传学研究。通过结合生物信息学分析，该技术还可以帮助识别转录因子下游调控的靶基因，为深入揭示生物学机制提供重要依据。

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06-ChIP-seq，CUT&Tag

 

        RNA修饰是指在RNA分子上发生的多种化学修饰（已超过160种），每种修饰都具有特定的功能，例如稳定结构、促进出核运输、调控可变剪接以及翻译识别等。其中，甲基化修饰是最主要的形式之一，约占所有修饰的三分之二。这些甲基化修饰广泛存在于mRNA、tRNA、rRNA以及其他非编码RNA中。 随着下一代测序技术（NGS）的广泛应用，RNA修饰已成为表观遗传学领域的研究热点，受到了广泛关注和深入探究。

 

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07-RNA修饰类测序

         人类基因组中超过70%的DNA可以转录成RNA，但只有大约3%的RNA具有编码蛋白质的能力。这表明，大部分转录出的RNA实际上是不编码蛋白质的非编码RNA。对于这些RNA的翻译情况，主要分为以下几种类型：完全不翻译、部分翻译、从头翻译和过度翻译。 随着下一代测序技术（NGS）的广泛应用，翻译组学研究逐渐成为现代生命科学的重要领域之一。其中，核糖体印迹测序技术（Ribo-seq）是这一领域的关键技术。这项技术由Weissman团队于2009年在《科学》杂志上首次发表。核糖体印迹测序技术使研究人员能够精确分析哪些RNA正在被翻译，为理解基因表达调控提供了重要的工具。这一技术的应用极大地推动了对非编码RNA功能及其在细胞内作用机制的研究进展。

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08-Ribo-seq

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09-CLIP-seq、RIP-seq

        RNA与RNA结合蛋白（RBP）之间的相互作用在生物学领域中扮演着至关重要的角色。这种相互作用不仅对基因表达的调控有着深远影响，还参与了众多生命过程的关键环节，例如mRNA的剪接、转运、定位、翻译以及稳定性等。随着下一代测序技术（NGS）的迅猛发展，这一研究领域受到了前所未有的关注，并迅速成为生物医学研究的热点之一。 通过NGS技术，研究人员能够以前所未有的精度和广度来探索RNA与RBP之间的复杂关系。这使得我们能够更深入地理解这些分子间的动态交互及其在细胞功能中的具体作用机制，从而为揭示疾病发生发展的分子基础提供了新的视角和工具。同时，该领域的研究成果也为开发新型诊断方法和治疗手段带来了无限可能。