文献专栏 | ecDNA/eccDNA

环状DNA是自然界中普遍存在的一种DNA分子形式，如，细菌基因组DNA、质粒、线粒体DNA等。在真核生物中还有一类特殊的环状DNA分子，它们是从正常基因组中分离或脱落下来，游离于染色体基因组之外，以特殊的方式参与生理或病理过程。鉴于它们是独立于染色质之外的DNA分子，便统称为染色体外DNA（ecDNA），由于多是环状形式，因此统称为染色质外环状DNA（eccDNA）,目前研究eccDNA强有力的方式之一是Circle-seq技术。

RNA结构在基因表达调控的过程中扮演着重要角色，RNA分子内双链的形成，多是因为，碱基配对，促使RNA分子形成茎环和假节结构。RNA分子间双链结构的形成，多是由于分子间的碱基配对导致的，例如，miRNA-mRNA，lncRNA-mRNA，mRNA-mRNA，相互配对形成双链。鉴于RNA结构的多样性，相关研究历来都是热点与难点，对近20年内RNA结构研究的方法进行梳理（2003~2020年），希望能帮助大家对各种研究方法有个宏观认识，为大家个科研带来一丝灵光。

文献综述 | 梳理RNA结构研究进展

合作文献 |  acRIP-seq技术| mRNA中胞嘧啶核苷的 N4-乙酰化在植物中发挥重要作用

本研究通过采用 LC-MS/MS 和 acRIP-seq（达澈生物提供）等的生物学手段揭示了植物 RNA（包括 mRNA）中胞苷N4-乙酰化的发生。今年6月The Plant Cell（IF=11.6）发表了题为N4-acetylation of cytidine in (m)RNA plays essential roles in plants的研究文章。 研究从 4 周龄的拟南芥 (Arabidopsis thaliana) 植物的叶子中首次鉴定，在高等植物RNA中鉴定到新型化学修饰胞嘧啶乙酰化（ac4C），并解析了其生物学功能。

合作文献 |  MeRIP-seq技术| METTL3的小分子抑制剂在非小细胞肺癌中的作用及其翻译组特征

本研究结合RNA-seq、Ribo-seq、MeRIP-seq（达澈生物提供）等方法，发现STM2457作为一种潜在的新型抑制因子，在体内和体外促进PD-L1表达，可能能够克服异质性，并改善NSCLC的免疫治疗效果。2023年6月，Journal of Pharmaceutical Analysis(IF=14)发表了题为Effects and translatomics characteristics of a small-molecule inhibitor of METTL3 against non-small cell lung cancer的研究文章。 我司提供了本研究的MeRIP-seq测序和数据分析服务。

合作文献 |  CUT&Tag技术| 胰高血糖素-PKA-CREB信号通路通过组蛋白磷酸化调节节食情形下的肝脏糖异生活动

2023年4月Molecular Cell（IF16.0）发表了题为Histone phosphorylation integrates the hepatic glucagon-PKA-CREB gluconeogenesis program in response to fasting的研究文章。工作由中科院上海营养所、上海交大附属第六人民医院、中科院干细胞所等机构联合完成，第一作者赵永旭。我司参与了其中CUT&Tag实验、测序及数据分析。

合作文献 |  ChIP-seq技术| 肝急性脂肪累积通过调控表观遗传调节因子MIER1翻译，促进雄性小鼠肝组织再生

2023年3月，Nature Communications发表了题为Acute liver steatosis translationally controls the epigenetic regulator MIER1 to promote liver regeneration in a study with male mice的论文。该研究结合了体内CRISPR筛选、ChIP-seq等方法，发现在雄性小鼠体内，MIER1联系了肝细胞中的脂质累积和细胞周期相关基因表达。工作由中科院上海营养健康研究所、上海交通大学附属第六医院等机构联合完成，第一作者Yanhao Chen。我司提供了本研究的ChIP-seq测序和数据分析服务。

合作文献 | ATAC-seq技术| 细胞核中的非典型三羧酸循环通路，连接代谢和表观遗传调节

Signal Transduction and Targeted Therapy发表了题为The existence of a nonclassical TCA cycle in the nucleus that wires the metabolic-epigenetic circuitry的论文。该研究发现了一个细胞核中的非典型TCA（nTCA）循环。工作由北京大学第三医院、北京大学第一医院、北京大学医学院、首都医科大学医学院等机构联合完成，北京大学尚永丰及孙露洋为本研究论文共同通讯作者。我司提供了本研究的ATAC-seq的测序和数据分析服务。

合作文献 | CUT&Tag技术|  EST12调节Myc表达，通过免疫相关信号通路增强抗结合杆菌的炎症反应

2022年8月Frontiers in Immunology发表了题为EST12 regulates Myc expression and enhances anti-mycobacterial inflammatory response via RACK1-JNK-AP1-Myc immune pathway的研究文章。该研究结合了ChIP-qPCR、CUT&Tag等多种实验方法，发现EST12通过RACK1-JNK-AP1-Myc免疫通路调控Myc表达，增强抗真菌炎症反应。工作由武汉大学医学部基础医学院免疫学系团队完成，第一作者吴剑。我司提供了本研究中CUT&Tag相关实验和数据分析服务。

合作文献 |ATAC-seq技术|  位于ABCG2基因顺式调节区域的单核苷酸多态性与绿头鸭蛋的颜色有关

2020年12月底Molecular Ecology发表了题为A single nucleotide polymorphism variant located in the cis-regulatory region of the ABCG2 gene is associated with mallard egg colour的论文。该研究结合了二代及三代全基因组测序、转录组测序、GWAS和ATAC-seq来识别潜在的影响绿色蛋壳性状的因素。工作由中科院北京动物所、四川农业大学动物科学院等机构联合完成，第一作者为刘贺贺。我司提供了本文中ATAC-seq测序和数据分析内容。

合作文献 |Circle-seq技术|  CRISPR FISHer：基于相分离信号放大的高敏活细胞非重复DNA元件示踪方法

2020年9月Cell Research发表了题为CRISPR FISHer enables high-sensitivity imaging of nonrepetitive DNA in living cells through phase separation-mediated signal amplification的论文，提出了一种基于CRISPR和相分离的非重复DNA片段标记工具CRISPR FISHer，并通过该工具实现了单个活细胞内染色体断裂、分离以及同源/异源末端连接过程的实时成像，以及外源DNA的片段示踪。工作由西湖大学生命科学院等机构联合完成，第一作者宋春青和申恩志。我司提供了文献中Circle-seq测序和分析工作方面的支持。

合作文献 |  RNA-seq技术| 探测线粒体DNA G-四链结构的特异探针，以及线粒体DNA G-四链结构同糖酵解的可能联系

2021年12月Journal of the American Chemical Society发表了题为Monitoring and Modulating mtDNA G-Quadruplex Dynamics Reveal Its Close Relationship to Cell Glycolysis的文章。该研究工作揭示了mtDNA G4与细胞糖酵解之间前所未有的联系，提示mtDNA G4可能是一种值得进一步探索的新的癌症生物标志物和治疗靶点。工作由中山大学药学院的谭嘉恒教授团队完成，我司提供了RNA-seq实验和分析方面的协助。

合作文献 |  ATAC-seq技术| 多柔比星耐药乳腺癌细胞的染色质开放性及转录组谱

2021年7月，Frontiers in cell and developmental biology在线刊发了题为Integrated Chromatin Accessibility and Transcriptome Landscapes of Doxorubicin-Resistant Breast Cancer Cells的研究文章。该研究结合ATAC-seq（我司提供协助）和RNA-seq数据，探索了染色质开放性和基因表达的系统改变，确定与多柔比星耐药MCF7（MCF7-DR）细胞中差异开放性的区域（DAR）相关的潜在调节因子及其靶标。工作由上海交通大学医学院附属瑞金医院等多家单位联合完成。