• MicroRNAs（miRNAs）是在真核生物中发现的一类内源性的具有调控功能的非编码RNA，长约20~25个核苷酸，由发夹结构前体加工而来，形成具有基因调控功能的成熟小分子非编码RNA。

    miRNA广泛存在于动物、植物、真菌及病毒的基因组中，并参与细胞增殖、分化、凋亡及细胞周期调控等过程。研究表明，miRNA参与多种调节途径：发育、病毒防御、造血过程、器官形成、细胞增殖和凋亡、脂肪代谢等。

    miRNA与细胞的癌变、肿瘤的发生有着极为密切的关系，miRNA的异常表达可能会导致生理状态的异常和疾病的产生，在多种癌症中，miRNA的表达水平会发生明显改变，有可能起到原癌基因和抑癌基因的作用。此外，在许多其他的病变组织和细胞中也检测到了miRNA的异常表达。因此对miRNA的表达的研究具有重要意义。

     

    miRNA-seq

  • 对于miRNA-Seq数据，首先利用fastqc软件对原始数据进行质量评估；再使用STAR软件将原始数据比对到参考基因组；然后用cuffdiff软件分别对每例样本进行表达量计算，并对基因进行注释，差异基因分析（比较不同组之间的差别）。

     

    随后通过R包（如DEseq2，edgeR等），对差异基因数据进行进一步分析，并对靶基因进行GO和KEGG富集分析。

    分析流程

    构建RNA-seq文库，主要分为以下几步：

    1、提取总RNA

    2、反转录成cDNA

    3、磁珠纯化cDNA

    4、末端补平

    5、连接测序接头

    6、PCR扩增

    7、磁珠纯化DNA

    8、上机测序

    文库构建

  • 以上结果表明，基于microRNAs水平对乳腺癌类型进行区分及预测转移具有一定的可行性，但是乳腺癌类型及转移的差异并不完全由富集的microRNAs的下调驱动的，这暗示在乳腺癌的发展过程中起作用的microRNAs数量有限。

    文章题目：通过深度测序分析乳腺癌中microRNA的序列和表达

    研究发现在多总肿瘤发生的过程中microRNAs扮演者重要角色，在乳腺癌中很多microRNAs是下调的。研究者利用Illumina HiSeq2000测序平台对不同类型乳腺癌组织和细胞进行测序，分析其microRNAs表达差异。

    研究者选用11个正常乳腺组织，17个非转移组织，151个转移组织，及6种乳腺癌相关细胞系进行深度测序，分析发现正常组织中miR-21是高表达的，发生转移的乳腺癌病人的乳腺组织中mir-423是上调的，三阴乳腺癌病人中mir-17-92是特异性上调的，但是这些变化并不显著。

  • 细胞或组织

    细胞量 ≥10^7个/份，至少2份

    新鲜动物组织量 ≥100mg

    新鲜植物组织量 ≥200mg

     

     

    体液样品

    细全血、血清、血浆 2~2ml/份

    脑脊液，5ml/份

    尿液，50ml/份

     

     

    RNA样品

     

    Total RNA ≥2ug

    OD260/280 ≥1.8

    OD260/230 ≥1.5

    RIN值要 >7.5

     

     

    建议样品制备 2~3 份，具体细节详询销售。