转录组测序利器
miRNA-seq
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microRNAs(miRNAs)是在真核生物中发现的一类内源性的具有调控功能的非编码RNA,长约20~25个核苷酸,由发夹结构前体加工而来,形成具有基因调控功能的成熟小分子非编码RNA。
miRNA广泛存在于动物、植物、真菌及病毒的基因组中,并参与细胞增殖、分化、凋亡及细胞周期调控等过程。研究表明,miRNA参与多种调节途径:发育、病毒防御、造血过程、器官形成、细胞增殖和凋亡、脂肪代谢等。
miRNA与细胞的癌变、肿瘤的发生有着极为密切的关系,miRNA的异常表达可能会导致生理状态的异常和疾病的产生,在多种癌症中,miRNA的表达水平会发生明显改变,有可能起到原癌基因和抑癌基因的作用。此外,在许多其他的病变组织和细胞中也检测到了miRNA的异常表达。因此对miRNA的表达的研究具有重要意义。
miRNA-seq
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以上结果表明,基于microRNAs水平对乳腺癌类型进行区分及预测转移具有一定的可行性,但是乳腺癌类型及转移的差异并不完全由富集的microRNAs的下调驱动的,这暗示在乳腺癌的发展过程中起作用的microRNAs数量有限。
文章题目:通过深度测序分析乳腺癌中microRNA的序列和表达
研究发现在多总肿瘤发生的过程中microRNAs扮演者重要角色,在乳腺癌中很多microRNAs是下调的。研究者利用Illumina HiSeq2000测序平台对不同类型乳腺癌组织和细胞进行测序,分析其microRNAs表达差异。
研究者选用11个正常乳腺组织,17个非转移组织,151个转移组织,及6种乳腺癌相关细胞系进行深度测序,分析发现正常组织中miR-21是高表达的,发生转移的乳腺癌病人的乳腺组织中mir-423是上调的,三阴乳腺癌病人中mir-17-92是特异性上调的,但是这些变化并不显著。