全转录组测序利器
RNA-seq
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RNA-Seq技术,全称为:RNA sequencing,是通过高通量测序手段,即二代测序技术(NGS),来检测某一特定时间点,生物样品中RNA的表达情况及定量的方法,可以用来研究分析细胞转录组在不同组织样品间基因表达差异情况、在时间轴上不同时间点连续的变化,以及转录本的可变剪切和SNP位点等。除了mRNA转录本信息,RNA-Seq技术可以用来研究不同类群的RNA,包括miRNA,tRNA,rRNA,lncRNA等。
RNA-Seq的最新进展还包括单细胞转录组学(single cell sequencing)和固定组织的原位测序(in situ sequencing of fixed tissue)。
RNA-seq
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2019年7月,《Nature》刊发了一篇重量级的RNA-seq研究综述,文章总结了RNA测序成为全转录组水平分析差异基因表达和研究的历程。
随着二代测序技术 (NGS)的广泛应用,RNA-seq的应用也越加广泛。现已成为全转录组测序的常规技术,并可用于很多RNA层面的研究,如单细胞基因表达、RNA翻译(translatome)和RNA结构组(structurome结构组学)。
通过结合新兴的三代长读长long-read和direct RNA-seq技术,以及更好的计算分析工具,RNA-seq帮助大家对RNA生物学的理解会越来越全面:从转录本在何时何地转录到RNA折叠以及分子互作发挥功能等。
RNA测序(RNA-seq)自诞生起就应用于分子生物学,帮助理解各个层面的基因功能。现在的RNA-seq更常用于分析差异基因(DGE, differential gene expression)。
文章指出,用熟悉的'baseline'流程,用short-read RNA-seq技术分析DGE。先描述短读长测序的文库构建过程、实验设计注意事项和计算分析流程,探究其应用如此广泛的原因。然后描述单细胞转录组和空间转录组的发展和应用。并举例说明RNA-seq在RNA生物学关键研究中的应用,包括转录和翻译的动力学分析,RNA结构,RNA-RNA和RNA-蛋白质间相互作用等。
最后作者展望了一下RNA-seq的未来,如单细胞和空间转录组是否也会是以后的常规分析,在什么情况下long reads会替代short reads RNA-seq。不过篇幅有限,本文对RNA-seq分析还是有照顾不到的地方,比如典型的有非编码转录组,原核转录组和表观转录组。