分析流程

2023年3月15日，耶鲁大学樊荣教授团队和卡罗林斯卡学院Gonçalo Castelo-Branco教授团队合作，在《Nature》上在线发表了题为 Spatial epigenome–transcriptome co-profiling of mammalian tissues 的最新空间多组学技术。除了成功实现整个领域期待的在同一组织样品上实现总体染色质可及性和基因表达的联合空间组学分析（Spatial ATAC–RNA-seq），这个工作同时报道了三个特定的组蛋白修饰和基因表达的联合分析（Spatial CUT&Tag–RNA-seq），和单细胞数据整合显示这些技术达到了细胞水平或近单细胞分辨率。这个工作能够在空间和全基因组水平上观察表观遗传机制如何在组织中控制转录表型和细胞动态，揭示组织结构中空间表观遗传启动、分化和基因调控的新见解。该技术将在生命科学和生物医学研究领域引起广泛兴趣。

在研究中，对Spatial ATAC–RNA-seq技术，研究人员使用甲醛固定的冰冻组织切片，首先用预装有DNA adapter的Tn5转座酶复合物进行处理，随后将同一组织切片在包含生物素，连接序列和poly-T的DNA adapter中孵育以启动逆转录。之后，在组织切片上依次放置两个方向垂直的微流控芯片，分别引入空间编码Ai (i = 1−50或100)和Bj (j = 1−50或100)，从而形成一个二维的、由空间编码定义的组织像素网格，每个像素点由Ai和Bj编码 (总编码像素数= 2,500或10,000)。最终得到组织中组蛋白修饰和转录组的空间共同分析结果。