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    该技术用于鉴定DNA与相关蛋白结合的部位,可对目标蛋白在全基因组上的结合位点进行精确定位。在活细胞内固定DNA与蛋白结合的复合体,然后用蛋白特异性的抗体,通过抗原抗体特异性结合的免疫学手段捕获该复合体,然后洗脱蛋白质,得到与目的蛋白结合的DNA片段,将富集到的DNA片段进行上机测序。测序成本的降低让ChIP-seq成为表观研究的利器之一。

    ChIP-seq

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    Cleavage Under Targets and Tagmentation, CUT&Tag

    是一种研究蛋白质与DNA互作的新方法。该方法通过分子生物学手段将高活性的Tn5转座酶与Protein A融合,并装载建库接头引物形成pA-Tn5转座复合物。在抗体的引导下该pA-Tn5转座复合物可靶向切割目的蛋白附近的DNA序列。

    CUT&Tag

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    Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing

    是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的一种用于研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法。

    ATAC-seq

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    Cleavage Under Targets and Release Using Nuclease。是一种研究蛋白质 - DNA 相互作用的新方法。在 CUT&RUN 技术中,通过特定抗体靶向目标蛋白,然后利用微球菌核酸酶(Micrococcal Nuclease)在目标蛋白结合的 DNA 位点附近进行切割并释放出含有目标蛋白结合位点的 DNA 片段,以便后续进行分析。

    CUT&RUN

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    DNA affinity purification followed by sequencing。即 “DNA 亲和纯化测序”,是一种在全基因组范围内鉴定转录因子结合位点的技术。

    该技术通过将体外表达的转录因子和基因组 DNA 进行亲和纯化,然后洗脱与转录因子结合的 DNA 片段,进行高通量测序,从而生成转录因子的全基因组结合位点图谱。它在研究转录因子的功能和调控机制等方面具有重要应用

    DAP-seq