真核生物高通量单细胞3‘转录组测序服务
3‘scRNA-seq
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单细胞分辨率转录组技术的出现,开启了发育生物学的新时代,并且达到了高度精细的水平,它允许对组织的复杂性和异质性进行探索分析。这也将为我们揭示潜在的调控表观遗传过程。单细胞测序技术为基因调控网络提供了进一步的见解。
单细胞RNA测序(scRNA-seq)建库系统基于液滴微流控技术,采用突破性的微球一分子标签技术,携带千万级别的分子标签,可以捕获多种样本中的mRNA分子,以确保构建文库具有稳定的质量和出色的性能。步骤主要包括单细胞分离和捕获、细胞裂解、反转录、cDNA扩增和文库制备。随着多种测序技术的快速发展,单细胞文库制备及测序技术也呈现出多样化的趋势。
scRNA-seq技术允许研究人员在单细胞层面上分析转录组,从而精确地揭示肿瘤细胞的异质性。例如黑色素瘤中是否存在同样多样化的基质细胞亚群,以及其组成和功能如何随着肿瘤的发展而适应仍有待探索。因此,我们使用scRNA-seq来实时研究发展中的肿瘤微环境,并揭示了以前未被认识到的特征和不断增加的异质性。单细胞测序能够展示细胞异质性并揭示罕见细胞群体。肿瘤微环境的异质性和动态性质使得确定不同免疫和基质成分的作用具有挑战性。scRNA-seq的出现使我们能够更深入地了解肿瘤生物学,揭示了以前的方法无法检测到的肿瘤内异质性的真实程度。我们使用scRNA-seq的方法来表征不断变化的肿瘤微环境及相关淋巴结内的肿瘤景观,并且确定了抑制性免疫微环境在肿瘤中的逐渐发展,以及具有不同功能特征的离散基质亚群。总之,我们已经展示了单细胞 RNA 测序在定义肿瘤微环境景观方面的强大作用,并为确定具有治疗潜力的候选对象提供了资源。
真核3'单细胞转录组测序
产品优势
应用方向
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这篇发表在《Gut》(IF=31.79)上题为“Single-cell RNA-seq analysis reveals BHLHE40-driven pro-tumour neutrophils with hyperactivated glycolysis in pancreatic tumour microenvironment”的文章,对中性粒细胞在PDAC中的异质性和促肿瘤机制进行了深入探索与解析。本研究中,作者通过对PDAC患者外周血中性粒细胞和PDAC组织免疫细行了单细胞转录组测序,阐释了PDAC患者肿瘤微环境中TANs的异质性,发现并证实了新的TANs亚型,也揭示了TANs促肿瘤的分子机制,为PDAC的治疗提供了潜有力的先天免疫靶点。
对 PDAC 患者的中性粒细胞群体(PMNs 和 TANs)进行进一步聚类分析,发现两类中性粒细胞分别由 6 个细胞亚群组成(PMN-(0:5),TAN-(0:5)),但因PMN-5表达嗜酸性粒细胞分子标记,TAN-5细胞数据质量较差,在下游分析中被剔除。相关性分析表明所有 PMN 细胞亚群有相似的表达谱,而 TAN 细胞亚群之间差异明显,显示肿瘤浸润的 TANs 具有异质性。其中,TAN-1 高度表达与癌症进展、转移等相关的分子标记,通路富集到趋化因子、细胞因子和血管生成因子等;TAN-2 高度表达炎症相关基因,不仅富集到与 TAN-1 类似的生物过程,还富集到与免疫相关的信号通路;TAN-3 与 PMNs 细胞表达谱较为相似,高表达与中性粒跨内皮迁移相关的基因,是 PMNs 向 TANs 转化的过渡态细胞类型,富集到抗原提呈等过程;TAN-4 特异性高表达 IFN 激活相关基因,富集到天然免疫信号通路。通路活性分析结果与上述 TANs 的特征相互印证。
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新鲜组织样品
1、组织保存液,标准为5 mL/样品。组织块大小≥8 mm3 或40 mg。收到的组织保存液暂时不使用的情况下,存放在4℃ 冰箱。
2、建议取材后用生理盐水漂洗,以去除血渍和污物,建议样品制备 1~2 份,4℃运输。
冰冻动物组织
1、组织质量 > 100mg,并且组织新鲜,提核的动物组织样本可以采用液氨速冻,干冰运输的方式。
2、样本使用预冷的PBS冲洗干净表面的血和筋膜,用吸水纸或者纱布将表面吸干。
3、注意操作迅速,全程在冰上操作。将组织放入冻存管中, 迅速浸入液氮中速冻2 min以上,然后放入液氮中长期保存。
4、冻存管做好样本信息标记。为了确保实验顺利,建议样本备份1-2份,干冰运输。
全血、骨髓血、贴壁或悬浮培养的细胞等样品类型
1、全血或骨髓血样品放在 EDTA 抗凝管(紫帽)中保存,样品量不少于 3ml, 充分混匀后运输。贴壁或者悬浮培养的细胞,总细胞量不少于5 x 105。
2、运输过程中注意做好缓冲保护。把抗凝管或者细胞培养瓶放在密封袋中。用运输缓冲包装(气柱袋一类的)包起来,放进泡沫箱中。
3、尽量将样本固定牢靠,避免样本来回摇晃或者剧烈震荡,造成细胞破裂.常温运输(4-18℃)。
脑脊液,腹水,胸水等体液类样品
1、提取体液后,直接放入15ml或者50ml离心管中,并做好标记。
2、运输过程中注意做好缓冲保护。把离心管用封口膜封好。用运输缓冲包装(气泡膜,气柱袋一类的)包裹样本,防止样本冻结凝固。样本放进泡沫箱中。
3、尽量将样本固定牢靠,避免样本来回摇晃或者剧烈震荡,造成细胞破裂。4℃运输。
冻存PBMC,冻存细胞系,冻存的组织消化的原代细胞
1、上冻存样本要求每个样本的数量不低于1 x 106。冻存时梯度冻存,使用细胞液氮冻存管,在液氮罐中妥善保存。
2、干冰运输。邮寄前将冻存的样本从冻存环境中取出并做好包装,放入壁厚且质量完好的泡沫盒中, 样本上下和四周都用干冰填满,将泡沫盒子封好后,干冰运输。