•       CUT&Tag(染色质免疫共沉淀测序)是研究目标蛋白质与DNA互作的方法,是研究表观遗传调控的重要手段之一,其被广泛应用于全基因组组蛋白修饰、转录因子和其他蛋白-DNA互作的研究。该技术已被广泛应用在肿瘤、发育、疾病表型及机理研究和细胞图谱构建等领域的研究。但是,和bulk RNA-seq一样,CUT&Tag只能在整体水平上研究蛋白质与DNA的互作,无法探究同一样本不同细胞间的异质性。

          高通量单细胞表观组学scCUT&Tag是一项表观遗传组学研究技术,该技术基于液滴微流控,具有高通量、超高分辨、超强特异性的特点,可以在单细胞水平上进行基因调控位点分析。该技术通过抗体和pA-Tn5酶识别目标蛋白与DNA的结合位点,并靶向切割DNA分子。通过液滴微流控技术将经过处理的单个细胞包裹形成油包水结构,并借助带有细胞标签的微球捕获DNA片段和标记DNA分子,实现目标蛋白与DNA结合位点的测序,为深入了解基因的表观调控建立稳定的技术平台。

         scCUT&Tag可以揭示细胞异质性,能够检测到不同细胞之间染色质状态的差异,有助于深入了解细胞群体的异质性;解析复杂生物学过程,可用于研究细胞发育、分化、疾病发生等过程中染色质状态的动态变化。同时,scCUT&Tag的高分辨率特点,可以在单细胞水平上提供更精细的染色质调控信息。

     

    scCUT&Tag

    产品优势

  • 靶向DNA切割原理

    技术流程

    scCUT&Tag技术流程:

    1、细胞悬液及预处理

    2、增加细胞膜通透性

    3、加入一抗结合目标蛋白, 二抗扩大信号,pA-Tn5切割

    4、液滴包裹单细胞和微球,在液滴中加入扩增试剂

    5、进行预扩增, 单个细胞的DNA被捕获和标记

    6、进行PCR扩增并加上接头序列

     

    1、质控与细胞过滤

    2、比对及定量矩阵

    3、单细胞分群

    4、群特异基因鉴定

    5、细胞类型鉴定

    6、CUT&Tag数据映射

    7、scCUT&Tag数据与scRNA-seq数据联合分析

    8、scCUT&Tag数据与scATAC-seq数据联合分析

     

     

    分析流程

  •       组蛋白修饰调节染色质结构是一种主要的表观遗传机制和基因表达的调控机制。单细胞测序是近几年热点方向,它可以用于解析细胞异质性。然而,目前研究主要是从mRNA角度去研究,染色质特征对细胞异质性的影响仍然不太清楚。组织层面通常是利用bulk ChIP-seq去表征组蛋白修饰的全基因组图谱,但这将掩盖单细胞水平的特异性信息。

        2019年期刊Nature genetics上,发表的题为“High-throughput single-cell ChIP-seq identifies heterogeneity of chromatin states in breast cancer”的研究论文。该研究介绍了scChIP-seq工作流程和细胞分类的准确性,以及识别了乳腺癌染色质状态的异质性。

          为了验证scChIP-seq技术的效率和准确性。从H3K4me3(促进转录)和H3K27me3(抑制转录)修饰的单细胞分布中进行细胞身份概括。实验使用人Ramos(B细胞)和Jurkat(T细胞)进行scChIP-seq后,发现单细胞染色质谱和共识聚类明确了每个细胞系的2个稳定簇,H3K4me3和H3K27me3谱的细胞身份匹配特异性分别超过99.7%和99.5%,聚集的单细胞图谱以高精度重现了bulk ChIP-seq 图谱(图b-d)。此外,scChIP-seq差异分析鉴定Ramos和Jurkat细胞特有的激活和抑制染色质特征。聚焦于转录起始位点(TSSs)周围累积的H3K4me3,其结果表明鉴定出的一致的谱系特异性基因组群,在每个细胞系特有的染色质特征中富集。

        这些结果表明,scCUT&Tag是一种在单细胞水平检测染色质特征,根据其染色质景观对单细胞进行高精度分类以及识别细胞群体之间的区别染色质特征的稳健方法。

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    新鲜组织样品

    1、人/小鼠,目标组织切取量≥0.4g;穿刺样本:粗针进行采集,不少于3针

    2、建议样品制备 1~2 份,组织保存液保存。4℃运输,48小时内送至实验室。

     

     

     

     

     

     

    新鲜细胞样品

    1、细胞量≥60万,通过镜检观察,判断细胞状态良好。

    2、建议样品制备 1~2 份,4℃运输,4小时内送至实验室。

     

     

     

     

     

     

     

     

     

    全血等样品

    1、全血≥5ml。

    2、运送介质:全血碎冰运输、冰袋运送(注意温度勿过低导致血液冻结)。

    3、建议样品制备 1~2 份。4℃运输,4小时内送至实验室。

     

     

     

     

     

     

    注:具体送样细节,请咨询销售。