基于体外成环和切割的基因编辑断裂点和脱靶位点识别方法

CIRCLE-seq

基于在体切割和寡核苷酸标记整合的基因编辑断裂点和脱靶位点识别方法

GUIDE-seq

Single-cell RNA Sequencing。即 “单细胞 RNA 测序”。该技术能够在单个细胞水平上对全转录组进行高通量测序，从而揭示细胞间的异质性，包括不同细胞类型的基因表达差异、细胞的发育轨迹、细胞对特定刺激的反应等。它为研究复杂组织和器官的细胞组成、功能以及疾病发生发展机制提供了强大的工具。

scRNA-seq

Single-cell Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing。即 “单细胞转座酶可接近性染色质测序”。该技术通过对单个细胞的染色质可及性进行高通量测序，能够在单细胞水平上揭示染色质的开放状态和调控元件的活性，进而了解细胞的转录调控网络和细胞类型特异性的调控机制。它为研究细胞异质性、发育过程、疾病发生等提供了重要的手段。

scATAC-seq

Single-cell Variable (Diversity) Joining sequencing。即 “单细胞可变（多样）连接区测序”。该技术可以在单个细胞水平上对免疫细胞受体的可变（V）、多样（D）和连接（J）区进行高通量测序，从而分析免疫细胞的克隆多样性、发育轨迹以及对特定抗原的响应等，对于研究免疫系统的功能和疾病状态下的免疫反应具有重要意义。

scV(D)J-seq

Single-cell Chromatin Immunoprecipitation Sequencing。即 “单细胞染色质免疫沉淀测序”。该技术能够在单个细胞水平上研究特定蛋白质与 DNA 的相互作用，分析染色质的状态和调控元件的活性。通过 scChIP-seq，可以揭示细胞间的异质性，了解不同细胞类型中特定转录因子或组蛋白修饰的分布情况，为研究细胞命运决定、发育过程以及疾病发生机制提供重要信息。

scChIP-seq

m6A修饰（N6-methyladenosine），是指在RNA腺嘌呤第6位氮原子上的甲基化修饰，修饰位点附近序列高度保守，随着NGS的广泛应用，RNA修饰得到了广泛研究，已是表观遗传领域的热点，而MeRIP-seq则是研究m6A修饰强有力的技术之一。

m6A-meRIP-seq

m1A（N1-methyladenosine）便是其中之一，该修饰在非编码RNA和mRNA上普遍存在，在人类细胞中，m1A存在于线粒体tRNA和细胞质tRAN的9位和第58位核糖腺苷酸上，m1A修饰在维持这些非编码RNA的结构和功能方面起着重要作用。除了存在于非编码RNA，在于哺乳动物mRNA上也存在m1A修饰，且在5’UTR区有较多的呈现。

m1A-meRIP-seq

5-甲基胞嘧啶（5-Methylcytosine，m5C），在RNA中广泛分布，早在上世纪70年代就已发现存在于mRNA上。当时由于技术的局限性，一直未能充分研究。近期研究发现mRNA m5C在哺乳动物中的分布十分保守，在不同组织中修饰的基因具有特异性。随着NGS的广泛应用，RNA修饰研究已是表观遗传领域的热点，而m5C-RIP-seq则是研究m5C修饰强有力的技术之一。

m5C-meRIP-seq

m7G修饰，是一种自带正电荷的RNA甲基化修饰，在甲基化转移酶的作用下，使RNA鸟嘌呤（G）的第七位氮原子加上甲基的一种化学修饰。m7G RNA甲基化修饰常存在于真核生物mRNA 5’帽子结构，具有调控mRNA的转运，翻译，剪切过程，除了存在于5’帽子结构外，m7G也存在于tRNA和rRNA序列内部。

m7G-meRIP-seq

ac4C（N4-acetylcytidine，N4位乙酰胞嘧啶）是一种真核原生生物保守的化学修饰。首次发现于细菌tRNA met的反密码子第一位，其存在保证了翻译过程的准确性，近期研究显示mRNA上也存在大量的ac4C。该修饰可以促进蛋白翻译，影响RNA的稳定性与可变剪切，调控基因表达。

acRIP-seq

经典中心法则指出DNA转录产生mRNA，而mRNA指导蛋白质的合成，蛋白质是生命活动的主要承担者。然而科学家们发现人类基因组中70%以上的DNA可以转录产生RNA，而具有编码蛋白能力的mRNA只占3%左右，说明多数转录的RNA分子都属于非编码RNA，对于RNA的翻译主要分为：不翻译，部分翻译，从头翻译，过度翻译。

Ribo-seq

目前研究发现RNA结合蛋白（RNA-binding proteins，RBPs）是调节基因表达的关键因素。RBP功能缺失会导致很多疾病，例如神经病变，自身免疫缺陷和癌症等。为研究RBPs调控RNA的机制，涌现出大量的新技术如RNA免疫共沉淀（RNA immunoprecipitation，RIP），紫外交联免疫沉淀（crosslinking-immunoprecipitation，CLIP）等。

eCLIP-seq

RIP-seq

目前研究发现RNA结合蛋白（RNA-binding proteins，RBPs）是调节基因表达的关键因素。RBP功能缺失会导致很多疾病，例如神经病变，自身免疫缺陷和癌症等。为研究RBPs调控RNA的机制，涌现出大量的新技术。

该技术用于鉴定DNA与相关蛋白结合的部位，可对目标蛋白在全基因组上的结合位点进行精确定位。在活细胞内固定DNA与蛋白结合的复合体，然后用蛋白特异性的抗体，通过抗原抗体特异性结合的免疫学手段捕获该复合体，然后洗脱蛋白质，得到与目的蛋白结合的DNA片段，将富集到的DNA片段进行上机测序。测序成本的降低让ChIP-seq成为表观研究的利器之一。

ChIP-seq

Cleavage Under Targets and Tagmentation, CUT&Tag

是一种研究蛋白质与DNA互作的新方法。该方法通过分子生物学手段将高活性的Tn5转座酶与Protein A融合，并装载建库接头引物形成pA-Tn5转座复合物。在抗体的引导下该pA-Tn5转座复合物可靶向切割目的蛋白附近的DNA序列。

CUT&Tag

Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing

是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的一种用于研究染色质可及性（通常也理解为染色质的开放性）的方法。

ATAC-seq

Cleavage Under Targets and Release Using Nuclease。是一种研究蛋白质 - DNA 相互作用的新方法。在 CUT&RUN 技术中，通过特定抗体靶向目标蛋白，然后利用微球菌核酸酶（Micrococcal Nuclease）在目标蛋白结合的 DNA 位点附近进行切割并释放出含有目标蛋白结合位点的 DNA 片段，以便后续进行分析。

CUT&RUN

DNA affinity purification followed by sequencing。即 “DNA 亲和纯化测序”，是一种在全基因组范围内鉴定转录因子结合位点的技术。

该技术通过将体外表达的转录因子和基因组 DNA 进行亲和纯化，然后洗脱与转录因子结合的 DNA 片段，进行高通量测序，从而生成转录因子的全基因组结合位点图谱。它在研究转录因子的功能和调控机制等方面具有重要应用

DAP-seq

Messenger RNA Sequencing。即 “信使 RNA 测序”。该技术是使用高通量测序技术，对细胞在特定时刻所能转录出的所有信使 RNA 进行测序，从而揭示 RNA 的存在和数量情况。通过 mRNA-seq 可以研究基因的表达水平、可变剪切、新的转录本以及基因的融合等信息，为生命科学研究提供了重要的技术手段。

mRNA-seq

Long non-coding RNA Sequencing。即 “长链非编码 RNA 测序”。该技术利用高通量测序手段，对细胞或组织中的长链非编码 RNA 进行全面的检测和分析。通过 LncRNA-seq 可以鉴定新的长链非编码 RNA、研究其表达模式、探索其在不同生理和病理状态下的功能以及与其他分子的相互作用等，为深入理解长链非编码 RNA 在生命活动中的作用提供了有力工具。

LncRNA-seq

Transfer RNA Sequencing。即 “转运 RNA 测序”。该技术通过高通量测序的方法，对细胞或组织中的转运 RNA 进行全面的检测和分析。tRNA-seq 可以帮助研究人员了解 tRNA 的种类、丰度、修饰状态以及在不同生理和病理条件下的变化，为深入研究 tRNA 在蛋白质合成、基因表达调控等方面的作用提供重要信息。

tRNA-seq

microRNA Sequencing。即 “微小 RNA 测序”。该技术通过高通量测序的方法，对细胞或组织中的微小 RNA 进行全面的检测和分析。它可以准确地鉴定已知的微小 RNA 和发现新的微小 RNA，同时还能测定微小 RNA 的表达水平，为研究微小 RNA 在基因调控、疾病发生发展等方面的作用提供了重要手段。

miRNA-seq

Circular RNA Sequencing。即 “环状 RNA 测序”。该技术利用高通量测序手段，对细胞或组织中的环状 RNA 进行全面的检测和分析。通过 circRNA-seq 可以鉴定新的环状 RNA、研究其表达模式和丰度变化，以及探索环状 RNA 在不同生理和病理过程中的潜在功能和作用机制。

circRNA-seq

Circle-seq(eccDNA)

环状DNA是自然界中普遍存在的一种DNA分子形式，如，细菌基因组DNA、质粒、线粒体DNA等。在真核生物中还有一类特殊的环状DNA分子，它们是从正常基因组中分离或脱落下来，游离于染色体基因组之外，以特殊的方式参与生理或病理过程。

Whole Genome Sequencing。

即全基因组测序。 全基因组测序是对生物体整个基因组进行测序的技术。它可以获得生物体所有的遗传信息，包括编码区和非编码区的 DNA 序列。通过全基因组测序，可以检测单核苷酸变异（SNV）、插入缺失（Indel）、拷贝数变异（CNV）、结构变异（SV）等多种遗传变异类型，为研究物种进化、疾病发生机制、遗传疾病诊断、个性化医疗等提供重要的基础数据。

WGS