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    Spatial ATAC-RNA-seq

    Spatial Assay for Transposase Accessible Chromatin with hight-throughput sequencing)

    空间RNA seq用于评估不同组织区域的基因表达情况,而ATAC可以评估细胞的染色体开放区域,从而反映出基因表达的调控情况。在2023年4月的发表与Nature的文章首次同时进行空间ATAC和RNA的分析,揭示空间上不同的细胞类型和细胞状态。

     

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    Spatial CUT&Tag-RNA-seq

    Spatial Cleavage Under Targets and Tagmentation-RNA-sequencing)spatial CUT&Tag联合空间转录组并同时测序分析,构成了spatial CUT&Tag-RNA-seq(空间转录组-表观组联合测序)。Spatial CUT&Tag-RNA-seq测序允许研究者同时对组织的转录组和表观组进行spatial CUT&Tag-RNA-seq二代测序。

  • Circle-seq

    环状DNA是自然界中普遍存在的一种DNA分子形式,如,细菌基因组DNA、质粒、线粒体DNA等。在真核生物中还有一类特殊的环状DNA分子,它们是从正常基因组中分离或脱落下来,游离于染色体基因组之外,以特殊的方式参与生理或病理过程。

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    RNA seq检测某一特定时间点,生物样品中RNA的表达情况及定量的方法,可以用来研究分析细胞转录组在不同组织样品间基因表达差异情况、在时间轴上不同时间点连续的变化,以及转录本的可变剪切和SNP位点等,最新进展还包括单细胞转录组学和固定组织的原位测序。

    RNA-seq

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    随着研究的深入,发现长链非编码RNA(lncRNA)扮演者重要角色,除了mRNA,RNA-seq技术同样可用于研究RNA如,miRNA,tRNA,rRNA,lncRNA等。

    LncRNA-seq

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    RNA结构在基因表达调控的过程中扮演着重要角色,在细胞内,绝大多数RNA通过分子内的碱基配对可形成二级结构,并在RNA结合蛋白(RBP)的介导下折叠成复杂的三级结构,高度结构化的RNA通过与其他RNA分子相互作用以发挥生物学调控功能,因此解析细胞内RNA的原位高级结构及作用靶标是研究其功能机制的关键。

    RIC-seq

    RIP-seq

    目前研究发现RNA结合蛋白(RNA-binding proteins,RBPs)是调节基因表达的关键因素。RBP功能缺失会导致很多疾病,例如神经病变,自身免疫缺陷和癌症等。为研究RBPs调控RNA的机制,涌现出大量的新技术。

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    目前研究发现RNA结合蛋白(RNA-binding proteins,RBPs)是调节基因表达的关键因素。RBP功能缺失会导致很多疾病,例如神经病变,自身免疫缺陷和癌症等。为研究RBPs调控RNA的机制,涌现出大量的新技术如RNA免疫共沉淀(RNA immunoprecipitation,RIP),紫外交联免疫沉淀(crosslinking-immunoprecipitation,CLIP)等。

    eCLIP-seq

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    经典中心法则指出DNA转录产生mRNA,而mRNA指导蛋白质的合成,蛋白质是生命活动的主要承担者。然而科学家们发现人类基因组中70%以上的DNA可以转录产生RNA,而具有编码蛋白能力的mRNA只占3%左右,说明多数转录的RNA分子都属于非编码RNA,对于RNA的翻译主要分为:不翻译,部分翻译,从头翻译,过度翻译。

    Ribo-seq

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    该技术用于鉴定DNA与相关蛋白结合的部位,可对目标蛋白在全基因组上的结合位点进行精确定位。在活细胞内固定DNA与蛋白结合的复合体,然后用蛋白特异性的抗体,通过抗原抗体特异性结合的免疫学手段捕获该复合体,然后洗脱蛋白质,得到与目的蛋白结合的DNA片段,将富集到的DNA片段进行上机测序。测序成本的降低让ChIP-seq成为表观研究的利器之一。

    ChIP-seq

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    CUT&Tag(Cleavage Under Targets and Tagmentation, CUT&Tag)是一种研究蛋白质与DNA互作的新方法。该方法通过分子生物学手段将高活性的Tn5转座酶与Protein A融合,并装载建库接头引物形成pA-Tn5转座复合物。在抗体的引导下该pA-Tn5转座复合物可靶向切割目的蛋白附近的DNA序列。

    CUT&Tag

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    ATAC-seq技术,全称为:Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing),是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的一种用于研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法。

    ATAC-seq

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    5-甲基胞嘧啶(5-Methylcytosine,m5C),在RNA中广泛分布,早在上世纪70年代就已发现存在于mRNA上。当时由于技术的局限性,一直未能充分研究。近期研究发现mRNA m5C在哺乳动物中的分布十分保守,在不同组织中修饰的基因具有特异性。随着NGS的广泛应用,RNA修饰研究已是表观遗传领域的热点,而m5C-RIP-seq则是研究m5C修饰强有力的技术之一。

    m5C-meRIP-seq

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    m7G修饰,是一种自带正电荷的RNA甲基化修饰,在甲基化转移酶的作用下,使RNA鸟嘌呤(G)的第七位氮原子加上甲基的一种化学修饰。m7G RNA甲基化修饰常存在于真核生物mRNA 5’帽子结构,具有调控mRNA的转运,翻译,剪切过程,除了存在于5’帽子结构外,m7G也存在于tRNA和rRNA序列内部。

    m7G-meRIP-seq

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    ac4C(N4-acetylcytidine,N4位乙酰胞嘧啶)是一种真核原生生物保守的化学修饰。首次发现于细菌tRNA met的反密码子第一位,其存在保证了翻译过程的准确性,近期研究显示mRNA上也存在大量的ac4C。该修饰可以促进蛋白翻译,影响RNA的稳定性与可变剪切,调控基因表达。

    acRIP-seq

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    m6A修饰(N6-methyladenosine),是指在RNA腺嘌呤第6位氮原子上的甲基化修饰,修饰位点附近序列高度保守,随着NGS的广泛应用,RNA修饰得到了广泛研究,已是表观遗传领域的热点,而MeRIP-seq则是研究m6A修饰强有力的技术之一。

    m6A-meRIP-seq

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    m1A(N1-methyladenosine)便是其中之一,该修饰在非编码RNA和mRNA上普遍存在,在人类细胞中,m1A存在于线粒体tRNA和细胞质tRAN的9位和第58位核糖腺苷酸上,m1A修饰在维持这些非编码RNA的结构和功能方面起着重要作用。除了存在于非编码RNA,在于哺乳动物mRNA上也存在m1A修饰,且在5’UTR区有较多的呈现。

    m1A-meRIP-seq

    2'-O-RNA-seq

    RNA修饰是指发生在RNA分子上的各种化学修饰(已超160种),每种修饰都有相应的功能,如:稳定结构、出核运输、可变剪接、翻译识别等。

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    基于体外成环和切割的基因编辑断裂点和脱靶位点识别方法

    CIRCLE-seq

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    基于在体切割和寡核苷酸标记整合的基因编辑断裂点和脱靶位点识别方法

    GUIDE-seq

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基于针对Cas9、修复蛋白和DNA损伤相关组蛋白修饰的ChIP-seq,间接识别基因编辑断裂点和脱靶位点的方法

基于ChIP的基因编辑脱靶检测

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基于全基因组测序数据,识别基因编辑断裂点、脱靶位点和基因编辑改动

基于WGS的基因编辑脱靶检测