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Circle-seq

环状DNA是自然界中普遍存在的一种DNA分子形式，如，细菌基因组DNA、质粒、线粒体DNA等。在真核生物中还有一类特殊的环状DNA分子，它们是从正常基因组中分离或脱落下来，游离于染色体基因组之外，以特殊的方式参与生理或病理过程。

RNA seq检测某一特定时间点，生物样品中RNA的表达情况及定量的方法，可以用来研究分析细胞转录组在不同组织样品间基因表达差异情况、在时间轴上不同时间点连续的变化，以及转录本的可变剪切和SNP位点等，最新进展还包括单细胞转录组学和固定组织的原位测序。

RNA-seq

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随着研究的深入，发现长链非编码RNA（lncRNA）扮演者重要角色，除了mRNA，RNA-seq技术同样可用于研究RNA如，miRNA，tRNA，rRNA，lncRNA等。

LncRNA-seq

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目前认为eRNA（enhancer-derived RNA）是转录于基因组上增强子区域的 RNA。早期研究发现基因外（extragenic）及基因间区（intergenic）的 DNA 也可转录出 RNA，增强子转录的 RNA 分子（eRNA）过去认为是由 enhancer 折叠到靶基因 promoter 附近时，招募的 RNA 聚合酶 II 结合产生的 RNA 噪音。

eRNA-seq

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目前对CircRNA的注释很全面了，CircRNA-seq基本原理是去识别反向剪切的位点(backsplice)。CircRNAd主要来源于外显子，同一个位点可能形成多个circRNA，每个circRNA可能包含一个或多个外显子。

CircRNA-seq

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随着研究的深入，发现小分子RNA（micro RNA）行使着重要功能，结合NGS测序可以高效的研究其功能。

miRNA-seq

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RNA结构在基因表达调控的过程中扮演着重要角色，在细胞内，绝大多数RNA通过分子内的碱基配对可形成二级结构，并在RNA结合蛋白（RBP）的介导下折叠成复杂的三级结构，高度结构化的RNA通过与其他RNA分子相互作用以发挥生物学调控功能，因此解析细胞内RNA的原位高级结构及作用靶标是研究其功能机制的关键。

RIC-seq

RIP-seq

目前研究发现RNA结合蛋白（RNA-binding proteins，RBPs）是调节基因表达的关键因素。RBP功能缺失会导致很多疾病，例如神经病变，自身免疫缺陷和癌症等。为研究RBPs调控RNA的机制，涌现出大量的新技术。

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目前研究发现RNA结合蛋白（RNA-binding proteins，RBPs）是调节基因表达的关键因素。RBP功能缺失会导致很多疾病，例如神经病变，自身免疫缺陷和癌症等。为研究RBPs调控RNA的机制，涌现出大量的新技术如RNA免疫共沉淀（RNA immunoprecipitation，RIP），紫外交联免疫沉淀（crosslinking-immunoprecipitation，CLIP）等。

eCLIP-seq

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经典中心法则指出DNA转录产生mRNA，而mRNA指导蛋白质的合成，蛋白质是生命活动的主要承担者。然而科学家们发现人类基因组中70%以上的DNA可以转录产生RNA，而具有编码蛋白能力的mRNA只占3%左右，说明多数转录的RNA分子都属于非编码RNA，对于RNA的翻译主要分为：不翻译，部分翻译，从头翻译，过度翻译。

Ribo-seq

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该技术用于鉴定DNA与相关蛋白结合的部位，可对目标蛋白在全基因组上的结合位点进行精确定位。在活细胞内固定DNA与蛋白结合的复合体，然后用蛋白特异性的抗体，通过抗原抗体特异性结合的免疫学手段捕获该复合体，然后洗脱蛋白质，得到与目的蛋白结合的DNA片段，将富集到的DNA片段进行上机测序。测序成本的降低让ChIP-seq成为表观研究的利器之一。

ChIP-seq

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CUT&Tag（Cleavage Under Targets and Tagmentation, CUT&Tag）是一种研究蛋白质与DNA互作的新方法。该方法通过分子生物学手段将高活性的Tn5转座酶与Protein A融合，并装载建库接头引物形成pA-Tn5转座复合物。在抗体的引导下该pA-Tn5转座复合物可靶向切割目的蛋白附近的DNA序列。

CUT&Tag

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ATAC-seq技术，全称为：Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing），是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的一种用于研究染色质可及性（通常也理解为染色质的开放性）的方法。

ATAC-seq

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5-甲基胞嘧啶（5-Methylcytosine，m5C），在RNA中广泛分布，早在上世纪70年代就已发现存在于mRNA上。当时由于技术的局限性，一直未能充分研究。近期研究发现mRNA m5C在哺乳动物中的分布十分保守，在不同组织中修饰的基因具有特异性。随着NGS的广泛应用，RNA修饰研究已是表观遗传领域的热点，而m5C-RIP-seq则是研究m5C修饰强有力的技术之一。

m5C-meRIP-seq

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m7G修饰，是一种自带正电荷的RNA甲基化修饰，在甲基化转移酶的作用下，使RNA鸟嘌呤（G）的第七位氮原子加上甲基的一种化学修饰。m7G RNA甲基化修饰常存在于真核生物mRNA 5’帽子结构，具有调控mRNA的转运，翻译，剪切过程，除了存在于5’帽子结构外，m7G也存在于tRNA和rRNA序列内部。

m7G-meRIP-seq

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ac4C（N4-acetylcytidine，N4位乙酰胞嘧啶）是一种真核原生生物保守的化学修饰。首次发现于细菌tRNA met的反密码子第一位，其存在保证了翻译过程的准确性，近期研究显示mRNA上也存在大量的ac4C。该修饰可以促进蛋白翻译，影响RNA的稳定性与可变剪切，调控基因表达。

acRIP-seq

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m6A修饰（N6-methyladenosine），是指在RNA腺嘌呤第6位氮原子上的甲基化修饰，修饰位点附近序列高度保守，随着NGS的广泛应用，RNA修饰得到了广泛研究，已是表观遗传领域的热点，而MeRIP-seq则是研究m6A修饰强有力的技术之一。

m6A-meRIP-seq

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m1A（N1-methyladenosine）便是其中之一，该修饰在非编码RNA和mRNA上普遍存在，在人类细胞中，m1A存在于线粒体tRNA和细胞质tRAN的9位和第58位核糖腺苷酸上，m1A修饰在维持这些非编码RNA的结构和功能方面起着重要作用。除了存在于非编码RNA，在于哺乳动物mRNA上也存在m1A修饰，且在5’UTR区有较多的呈现。

m1A-meRIP-seq