• 染色质免疫共沉淀测序（Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing，ChIP-seq）是用于研究蛋白质与DNA相互作用的方法。该技术将染色质免疫沉淀（ChIP）与NGS相结合，以鉴定DNA与相关蛋白结合的部位，可对目标蛋白在全基因组上的结合位点进行精确定位。在活细胞内固定DNA与蛋白结合的复合体，然后用蛋白特异性的抗体，通过抗原抗体特异性结合的免疫学手段捕获该复合体，然后洗脱蛋白质，得到与目的蛋白结合的DNA片段，将富集到的DNA片段进行上机测序。和依托芯片的ChIP-ChIP技术相比，ChIP-seq实验周期短且高效，覆盖的基因组范围也更加广泛。测序成本的降低让ChIP-seq成为表观研究的利器之一。

    ChIP-seq

  • 对于ChIP-seq数据，首先利用fastqc软件对原始数据进行质量评估，再使用BWA或bowtie软件将原始数据比对到参考基因组，然后用MACS分别对每例样本进行峰挖掘（peak calling），之后对peaks区域进行基因组位置注释、motif分析，并对靶基因进行GO和KEGG富集分析；若具有多种实验组样本，可挖掘各组样本间具有差异的peaks进行特异性分析等。

    分析流程

    关于ChIP-seq文库构建和测序主要分为以下几步：

    1、甲醛交联细胞系，将目标蛋白与染色质连接起来；

    2、分离基因组DNA，并用超声波/酶切将其打断成一定长度的小片段；

    3、添加与目标蛋白质特异的抗体，形成抗体与目标蛋白的免疫沉淀免疫结合复合体；

    4、去交联，纯化DNA，建库测序。

    文库构建

  • 中科院上海营养科学研究所的丁秋蓉老师及其团队却在生物学顶刊《自然-通讯》（Nature Communications）（IF=16.6）上发表文章，展示了一项颠覆性研究成果：“脂肪肝”或能促进肝再生，帮助肝脏损伤修复。该研究发现肝脏再生过程中肝实质细胞的MIER1表观因子响应脂质动态改变，从而调控肝实质细胞增殖再生的机制。

    研究发现，在肝切后小鼠的再生过程中，MIER1水平出现短暂的蛋白表达量下调，并在再生完成后期恢复到肝切前水平，这提示肝脏再生过程中存在MIER1的动态调控机制。进一步的研究发现，MIER1响应肝脏再生过程中的脂质急性积累，而脂质急性积累通过调控MIER1的蛋白水平行使重要的表观调控功能：肝脏脂质急性积累诱发肝实质细胞的急性应激反应，导致核糖体翻译过程的短暂抑制，从而影响MIER1蛋白翻译，引起MIER1蛋白水平的动态下调；而MIER1蛋白的下调会进一步促进染色质开放、细胞周期基因表达和肝脏再生。这一生理调控过程在衰老肝脏和高脂诱导的脂肪肝中明显受损，导致MIER1一直处于一个高表达状态，从而持续抑制细胞周期基因的表达；而敲除MIER1后衰老肝脏和高脂诱导的脂肪肝再生能力明显提高。

  • 细胞样品

    ChIP-seq反应所需细胞应大于10million/管（每个样本准备2~3管），具体细节详询销售。

     

     

    动物组织

    选取新鲜组织，质量大于100mg/份，取样时剔除冗余部分，保证组织的单一性，建议取材后用生理盐水漂洗，以去除血渍和污物，液氮速冻，-80℃保存。建议样品制备 2~3 份。

     

     

    植物组织

    选取取幼嫩组织，如嫩叶，根尖，幼苗等，质量大于5g/份，建议取样后用清水漂洗去除污物，纸巾吸干水分后液氮速冻，-80℃保存。建议样品制备 2~3 份。

     

    具体细节，详询销售或技术人员。