研究蛋白质与DNA互作的利器
ChIP-seq
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染色质免疫共沉淀测序(Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing,ChIP-seq)是用于研究蛋白质与DNA相互作用的方法。该技术将染色质免疫沉淀(ChIP)与NGS相结合,以鉴定DNA与相关蛋白结合的部位,可对目标蛋白在全基因组上的结合位点进行精确定位。在活细胞内固定DNA与蛋白结合的复合体,然后用蛋白特异性的抗体,通过抗原抗体特异性结合的免疫学手段捕获该复合体,然后洗脱蛋白质,得到与目的蛋白结合的DNA片段,将富集到的DNA片段进行上机测序。和依托芯片的ChIP-ChIP技术相比,ChIP-seq实验周期短且高效,覆盖的基因组范围也更加广泛。测序成本的降低让ChIP-seq成为表观研究的利器之一。
ChIP-seq
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中科院上海营养科学研究所的丁秋蓉老师及其团队却在生物学顶刊《自然-通讯》(Nature Communications)(IF=16.6)上发表文章,展示了一项颠覆性研究成果:“脂肪肝”或能促进肝再生,帮助肝脏损伤修复。该研究发现肝脏再生过程中肝实质细胞的MIER1表观因子响应脂质动态改变,从而调控肝实质细胞增殖再生的机制。
研究发现,在肝切后小鼠的再生过程中,MIER1水平出现短暂的蛋白表达量下调,并在再生完成后期恢复到肝切前水平,这提示肝脏再生过程中存在MIER1的动态调控机制。进一步的研究发现,MIER1响应肝脏再生过程中的脂质急性积累,而脂质急性积累通过调控MIER1的蛋白水平行使重要的表观调控功能:肝脏脂质急性积累诱发肝实质细胞的急性应激反应,导致核糖体翻译过程的短暂抑制,从而影响MIER1蛋白翻译,引起MIER1蛋白水平的动态下调;而MIER1蛋白的下调会进一步促进染色质开放、细胞周期基因表达和肝脏再生。这一生理调控过程在衰老肝脏和高脂诱导的脂肪肝中明显受损,导致MIER1一直处于一个高表达状态,从而持续抑制细胞周期基因的表达;而敲除MIER1后衰老肝脏和高脂诱导的脂肪肝再生能力明显提高。