•        靶向扩增子测序是一类聚焦于特定基因组区域的测序技术。它首先依据目标区域设计特异性引物，借助PCR（聚合酶链式反应）对特定DNA片段进行扩增，将极微量的目标DNA片段大量复制。随后，运用高通量测序技术对扩增后的产物进行测序，从而获取目标区域的详细遗传信息。该技术的优势显著，能够深度覆盖目标区域，对于低丰度变异的检测敏感度极高，可精准检测出罕见突变。同时，靶向扩增子测序还具有高度灵活性，可依据研究目的或临床需求，定制化选择不同的目标区域进行分析，在肿瘤基因突变检测、遗传性疾病诊断以及病原体分型等诸多领域都有广泛应用。

           目前用于治疗的基因编辑手段主要是CRISPR-Cas9系统。通过针对靶基因特定位置的引导序列（即所谓gRNA），Cas9可以将自身定位在靶基因对应的位置，并触发其核酸酶活性，产生高精度的双链断裂，损伤后修复会造成基因敲除或敲入等，最终达到对基因组DNA进行修饰的目的。gRNA的序列设计决定了敲除靶点的特异性。

     

    靶向扩增子测序

  •        在上机测序获得数据后，根据原始测序序列(Sequenced Reads)，参考对应物种参考序列或参考基因组，我们通过如下图标准流程进行生物信息分析。

           获得下机数据后，首先用Fastqc和Fastp评估原始数据质量并去除接头，再使用CRISPResso2将序列比对至待查的扩增子区间，生成具体的比对结果和相应的分析图。

     

     

    分析流程

           靶向扩增子测序主要用于追踪CRISPR/Cas系统诱导的基因组突变，该技术通过特异性扩增靶位点附近的序列，并对特定的扩增子建库后进行高通量测序，该方法操作简单、高效、具有针对性， 适合基于Cas9的基因编辑后编辑效率的检测。

           靶向扩增子测序建库大致流程：设计位点特异性引物扩增样品，对扩增子进行末端处理，加上接头和带有index的测序引物完成建库。

    文库构建

  • 靶向扩增子测序分析结果展示：

      1.序列的基本信息：待测扩增子区间的具体碱基构成

      2.插入、缺失及碱基替换：

     

    插入/缺失片段长度统计

     

    插入、缺失、碱基替换数量统计

    插入、缺失、碱基替换事件在待测扩增子区段内的位置分布

    待测扩增子区段内各个位置插入及缺失片段的平均长度偏好

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    细胞

    细胞量 ≥2×10^6个/份

     

     

     

    DNA

    寄送的Total DNA量应当 > 4μg，获取total DNA后，务必电泳检验DNA有无降解，-80℃保存。

     

     

     

    具体送样细节，请咨询销售。