•        DynaSpatial 空间转录组探针法是基于完整的组织切片而进行的基因表达的无偏检测。DynaSpatial 探针法方案需要借助 DynaBlot 设备完成，就像典型的组织学 流程一样，可以先在粘附性载玻片上制备组织切片。

           随后，需要先对切片进行交联并与转录组探针杂交， 在探针与 mRNA 杂交后， DynaBlot 设备可将杂交连接后的转录组探针从粘附性载玻片转移到捕获芯片， 然后完成探针延伸和文库构建；测序采用 Nova 系列平台或者 MGI-T7 平台 （PE150 策略），下机数据采用德运康瑞自研开发软件完成基础数据拆分、表达矩阵和报告生成。

           技术流程具体展示如下：

    德运康瑞DynaSpatial空间转录组

  •        空间转录组文库，采用 NovaSeq （或者 MGI-T7 平台） PE150 测序策略， 测序深度与 样本在捕获芯片上的覆盖面积和样本类型及复杂度有关， 适当加大测序数 据量可提高基因检出率 。获得原始测序序列（Sequenced Reads）后，通过如下流程进行生物信息分析。 使用 DynaSpatial 配套软件 DynamicST 将基因表达信息与组织切片的位置信息结合起来， 直观地展示 spot 类型在组织切片上的空间分布以及差异基因的空间分布。后续对这些差异基因进 行功能富集，从而鉴定亚群的功能特征。除了 DynamicST 的分析结果， 同时，我们也提供了第 三方软件 Seurat 的基本分析结果。另外，我们还可 以根据客户需求提供 spot 定义、拷贝数分析、配受体分析等个性化分析内容。

          对于邮寄的 OCT 组织包埋块， 在切片时，首先对组织块修片，然后用数张组织切片抽提 RNA 进行质检，新鲜冰冻组织（FF）样本 RNA>=4 认为质量合格，福 尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本 DV > 50%认为质量合格。在 DynaSpatial 探针法实验流程中， 组织切片、脱蜡以及染色和成像（H&E） 的步骤是在粘附性载玻片上进行的。不同样本类型（FFPE 或者 FF）首先进行不同 的样本前处理， 在粘附性载玻片上加入人或小鼠探针 Panel，探针进入组织内部与 mRNA 特异性杂交，杂交后的相邻探针对在酶的作用下连接在一起，没有杂交连接 的探针和 mRNA 会进行消化降解， 随后将粘附性载玻片和一张含捕获区域的捕获芯片放入 DynaBlot 仪器中， 参考组织 HE 图像，粘附性载玻片上的研究目标区域与捕获区域对齐， 进行探针连接产物转移，并被捕获芯片所捕获。随后进行探针延伸和扩增反应 ，最后进行文库构建和质控。文库构建实验流程展示如下（FFPE 样本需要脱蜡和解交联等处理步骤）。

     

    文库构建

    分析流程

  •        DynamicST 依靠图像处理算法来解决有关组织切片图像的两个关键问题：确定组织的放置位置 以及对齐基准点图案。组织检测用来识别被组织覆盖的 spots，从 而识别哪些 barcodes 将用于下游 分析。 DynamicST 使用一种算法来识别明场图像中的组织。使用输入图像的灰度值，多次采样可以 计算并比较组织切片放置的多个估计值。这些估计值用于训练统计分类器，以将捕获区域内的每个像 素标记为组织或背景。进行基准校正， 以便 DynamicST 可以知道每个 barcode-spot 在图像中的 位置。在自动识别不能满足需求时， 也可以手动圈选有组织覆盖的目标区域，后续分析均基于目标区 域的 spots 进行，未被选中的 spots 将被剔除。

          使用 DynamicST 软件统计每个 spot 上基因的 UMI，得到样本的 spot-gene 表达矩阵，下图展示了 UMI/Gene 数量在组织空间上的分布：

    聚类分析聚类分析用于识别 spot 亚型：

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    适用范围

    (1) DynaSpatial(捕获法):新鲜冷冻OCT组织块，不限物种;

    (2) DynaSpatial(探针法):新鲜冷冻0CT组织块或切片，FFPE蜡块或切片，仅适用于人和小鼠;

     

     

     

     

    具体送样细节，请咨询销售