• ATAC-seq 技术，全称为： Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing）.该方法通过超活化 Tn5 转座酶将序列接头插入到染色质开放区域，然后通过 DNA 测序数据分析推断染色质各区域的可及性、转录因子结合位点以及核小体位置。 ATAC-seq 可以在全基因组范围快速灵敏地检测染色质可及性。相比传统方法， ATAC-seq 的结果具有很强的一致性，同时也和基于组蛋白修饰 marker 的 ChIP-seq 有较高的吻合程度。另外， ATAC-seq 的重复性，比MNase-seq 和 DNase-seq 的更强，操作起来也更加简单，细胞或组织的需求量较少，出来的信号更加漂亮。已是目前研究染色质开放性首选的技术方法。

     

     ATAC-seq

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  • 对于 ATAC-seq 数据，首先利用 fastqc 软件对原始数据进行质量评估；再使用 bowtie2 软件将原始数据比对到参考基因组；然后用 MACS2 分别对每例样本进行峰挖掘（peak calling），之后对 peaks 区域进行基因组位置注释、 motif分析，并对靶基因进行 GO 和 KEGG 富集分析；若具有多种实验组样本，可挖掘各组样本间具有差异的 peaks 进行特异性分析等

    分析流程

    ATAC-Seq实验步骤：

    1、细胞制备：第一步需要收获细胞。由于用于ATAC-Seq分析的细胞数量对于转座反应和生成的DNA片段的大小分布至关重要，因此对细胞进行计数非常重要。此外，细胞应完好无损，并且是均匀的单细胞悬浮液。收获后，用非离子型去污剂裂解细胞以产生纯细胞核。

    2、转座反应：然后将所得的染色质片段化，并同时使用Tn5转座酶进行测序接头标记，以生成ATAC-Seq文库。纯化后，可使用barcode引物通过PCR扩增文库。所得文库随后通过qPCR或NGS进行分析。

     

    文库构建

  • 2021年6月，中国科学院上海营养与健康研究所孙宇团队等在 Nature Aging 期刊（ IF 16.6 ）在线发表了题为：KDM4 Orchestrates Epigenomic Remodeling of Senescent Cells and Potentiates the Senescence-Associated Secretory Phenotype 的研究论文（KDM4协调衰老细胞的表观基因组重塑，并增强衰老相关的分泌表型）。该研究综合运用有限酶解和同位素标记定量蛋白质组学、ATAC-seq和ChIP-seq等表观遗传学高通量技术，揭示了衰老细胞组蛋白表观遗传修饰的普遍特征、染色质空间开放的变化规律和KDM4等表观分子的重要作用及其在人类衰老过程中的靶向价值。

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    细胞系培养须加支原体或衣原体清除剂 200,000 个/管(每个样本准 备 3~4 管) ，液氮速冻-80°C保存。

    组织样品（动物）：建议样品制备 2~3 份，20mg/份 ，液氮速冻-80°C保存。

    组织样品（植物）：建议样品制备 2~3 份，500mg/份，，液氮速冻-80°C保存 。