空间表观组学

空间表观组学是整合表观遗传调控与组织空间位置信息的前沿技术，借助原位捕获、空间条形码等手段，实现组织切片中DNA甲基化、组蛋白修饰等表观修饰的空间定位与定量解析。其核心是弥补传统表观组学丢失空间语境的局限，揭示表观调控的空间异质性，关联细胞通讯及区域表型的分子机制，为解析发育调控、疾病异质性及精准诊疗提供从空间维度解析表观调控网络的全新视角。

空间转录组学

空间转录组学是整合基因表达与组织空间位置信息的前沿技术，通过原位捕获、空间条形码等手段，实现组织切片中基因表达谱的空间定位与定量解析。其核心价值在于弥补传统单细胞转录组丢失细胞原始空间语境的局限，揭示不同区域细胞的基因表达异质性，关联细胞空间排布与功能（如组织分区、细胞互作、疾病微环境的表达模式），为解析发育进程、肿瘤异质性及器官功能分区的分子机制提供基因表达的空间维度视角。

空间蛋白组学

空间蛋白组学是整合蛋白质表达与组织空间位置信息的前沿技术，通过原位成像、空间分辨率质谱或抗体芯片等手段，实现组织切片中蛋白质的空间定位与定量解析。其核心价值在于弥补传统蛋白组学丢失空间语境的局限，揭示蛋白质在组织微环境中的空间分布异质性，关联细胞空间排布与功能（如区域特异性蛋白互作、疾病病灶的蛋白表达特征），为解析组织功能分区、疾病进展的分子机制及潜在治疗靶点发现提供蛋白质层面的空间维度视角。

空间代谢组学

空间代谢组学是整合代谢物表达与组织空间位置信息，通过原位质谱成像（如MALDI-MS）等手段实现脂质、氨基酸、糖类等代谢物空间定位与定量解析的前沿技术，其核心在于突破传统代谢组学丢失空间语境的局限，精准揭示代谢物在组织微环境中的分布异质性，并深度关联肿瘤病灶代谢重编程、神经区域功能分区、药物原位代谢等生理病理功能机制，为解析生命活动的代谢基础提供了空间维度的关键视角。

GUIDE-seq，即Genome-wide Unbiased Identification of DSBs Enabled by Sequencing的缩写，是一种用于基因编辑断裂点和脱靶位点识别的方法。该方法的核心在于利用特定的寡核苷酸（dsODN）标记基因组中的双链断裂（DSB）位点。

GUIDE-seq

CIRCLE-seq，全称为 Circularization for in vitro reporting of cleavage effects by sequencing，是基于体外成环和切割的基因编辑断裂点与脱靶位点识别方法。它先将基因组 DNA 片段化并环化，基因编辑工具切割后，对线性化片段测序来定位相关位点 。

CIRCLE-seq

靶向扩增子测序是一种针对特定基因组区域展开深度遗传变异检测的技术。它先选定目标区域，设计特异性引物对目的片段进行扩增，让原本含量低的目标序列数量大幅增加 。

靶向扩增子测序

PE技术通过融合Cas9切口酶和逆转录酶，利用引导编辑向导RNA（pegRNA）实现精准编辑。其核心是通过pegRNA引导Cas9切口酶切割非靶向链，再由逆转录酶以pegRNA为模板合成新的DNA片段，最终整合到基因组中。这一过程理论上可实现碱基替换、片段插入或删除等编辑。

PE 编辑脱靶技术

该技术用于鉴定 DNA 与相关蛋白结合的部位，可对目标蛋白在全基因组上的结合位点进行精确定位。在活细胞内固定 DNA 与蛋白结合的复合体，然后用蛋白特异性的抗体，通过抗原抗体特异性结合的免疫学手段捕获该复合体，然后洗脱蛋白质，得到与目的蛋白结合的 DNA 片段，将富集到的 DNA 片段进行上机测序。测序成本的降低让 ChIP-seq 成为表观研究的利器之一。

ChIP-seq

Cleavage Under Targets and Tagmentation（CUT&Tag）是一种研究蛋白质与 DNA 互作的新方法。该方法通过分子生物学手段将高活性的 Tn5 转座酶与 Protein A 融合，并装载建库接头引物形成 pA-Tn5 转座复 合物。在抗体的引导下该 pA-Tn5 转座复合物可靶向切割目的蛋白附近的 DNA 序列。

CUT&Tag

Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing（ATAC-seq）是 2013 年由斯坦福大学 William J. Greenleaf 和 Howard Y. Chang 实验室开发的一种用于研究染色质可及性（通常也理解为染色质的开放性）的方法。

ATAC-seq

Cleavage Under Targets and Release Using Nuclease（CUT&RUN）是一种研究蛋白质 - DNA 相互作用的新方法。在 CUT&RUN 技术中，通过特定抗体靶向目标蛋白，然后利用微球菌核酸酶（Micrococcal Nuclease）在目标蛋白结合的 DNA 位点附近进行切割并释放出含有目标蛋白结合位点的 DNA 片段，以便后续进行分析。

CUT&RUN

DNA affinity purification followed by sequencing，即 “DNA 亲和纯化测序”，是一种在全基因组范围内鉴定转录因子结合位点的技术。该技术通过将体外表达的转录因子和基因组 DNA 进行亲和纯化，然后洗脱与转录因子结合的 DNA 片段，进行高通量测序，从而生成转录因子的全基因组结合位点图谱。它在研究转录因子的功能和调控机制等方面具有重要应用。

DAP-seq

Circle-seq(eccDNA)

环状DNA是自然界中普遍存在的一种DNA分子形式，如，细菌基因组DNA、质粒、线粒体DNA等。在真核生物中还有一类特殊的环状DNA分子，它们是从正常基因组中分离或脱落下来，游离于染色体基因组之外，以特殊的方式参与生理或病理过程。

Whole Genome Sequencing。

即全基因组测序。 全基因组测序是对生物体整个基因组进行测序的技术。它可以获得生物体所有的遗传信息，包括编码区和非编码区的 DNA 序列。通过全基因组测序，可以检测单核苷酸变异（SNV）、插入缺失（Indel）、拷贝数变异（CNV）、结构变异（SV）等多种遗传变异类型，为研究物种进化、疾病发生机制、遗传疾病诊断、个性化医疗等提供重要的基础数据。

WGS

宏基因组

宏基因组是通过对特定环境样本中全部微生物的基因组集合进行测序与分析，解析微生物群落结构、功能潜力及与环境互作关系的研究方法。

Messenger RNA Sequencing。即 “信使 RNA 测序”。该技术是使用高通量测序技术，对细胞在特定时刻所能转录出的所有信使 RNA 进行测序，从而揭示 RNA 的存在和数量情况。通过 mRNA-seq 可以研究基因的表达水平、可变剪切、新的转录本以及基因的融合等信息，为生命科学研究提供了重要的技术手段。

mRNA-seq

Long non-coding RNA Sequencing。即 “长链非编码 RNA 测序”。该技术利用高通量测序手段，对细胞或组织中的长链非编码 RNA 进行全面的检测和分析。通过 LncRNA-seq 可以鉴定新的长链非编码 RNA、研究其表达模式、探索其在不同生理和病理状态下的功能以及与其他分子的相互作用等，为深入理解长链非编码 RNA 在生命活动中的作用提供了有力工具。

LncRNA-seq

microRNA Sequencing。即 “微小 RNA 测序”。该技术通过高通量测序的方法，对细胞或组织中的微小 RNA 进行全面的检测和分析。它可以准确地鉴定已知的微小 RNA 和发现新的微小 RNA，同时还能测定微小 RNA 的表达水平，为研究微小 RNA 在基因调控、疾病发生发展等方面的作用提供了重要手段。

miRNA-seq

Circular RNA Sequencing。即 “环状 RNA 测序”。该技术利用高通量测序手段，对细胞或组织中的环状 RNA 进行全面的检测和分析。通过 circRNA-seq 可以鉴定新的环状 RNA、研究其表达模式和丰度变化，以及探索环状 RNA 在不同生理和病理过程中的潜在功能和作用机制。

circRNA-seq

Transfer RNA Sequencing。即 “转运 RNA 测序”。该技术通过高通量测序的方法，对细胞或组织中的转运 RNA 进行全面的检测和分析。tRNA-seq 可以帮助研究人员了解 tRNA 的种类、丰度、修饰状态以及在不同生理和病理条件下的变化，为深入研究 tRNA 在蛋白质合成、基因表达调控等方面的作用提供重要信息。

tRNA-seq

宏转录组（metatranscriptomics）

宏转录组学（metatranscriptomics）是研究特定环境中微生物群落基因表达的技术，通过高通量RNA测序，捕捉微生物在特定时空下的活跃基因表达情况，揭示其功能动态。与宏基因组学侧重基因组成不同，宏转录组学聚焦基因表达，反映微生物对环境变化的实时响应，如污染物降解、宿主互作等，为生态、医学、农业等领域提供关键功能信息。

m1A-quant-seq 是一种基于化学或生物化学方法的单碱基分辨率测序技术，用于定量检测 RNA 中 N1 - 甲基腺苷（m1A）修饰的分布和丰度。其核心原理是通过乙二醛和亚硝酸盐介导未甲基化腺苷脱氨形成肌苷，结合高通量测序实现 m1A 位点的高精度识别与绝对定量。该技术可在低至纳克级 RNA 起始量下完成全转录组分析，适用于 mRNA、ncRNA 及线粒体 RNA 等多种类型，并支持单细胞和空间转录组研究。

m1A-quant-seq

极速低损 UBS-seq（Ultrafast Bisulfite Sequencing）是芝加哥大学何川团队开发的超快速亚硫酸氢盐测序技术，用于精准检测 DNA 和 RNA 中的 5 - 甲基胞嘧啶（5mC）修饰。其核心突破在于通过优化亚硫酸氢盐配方和高温处理（98°C），将传统 BS-seq 数小时的转化时间缩短至5-9 分钟，同时显著降低 DNA/RNA 降解和背景噪音。

极速低损UBS-seq

TRAC-seq（tRNA 修饰还原与切割测序）是一种革命性的高通量测序技术，可在单核苷酸分辨率下精准解析 tRNA 的N⁷- 甲基鸟苷（m⁷G）修饰图谱。该技术通过化学处理（如 NaBH₄还原与苯胺特异性切割），使 m⁷G 修饰位点产生特征性断裂信号，结合深度测序与生物信息学分析，不仅能定位修饰位点，还能量化修饰水平。

TRAC-seq

RedaC:T-seq 是一种基于化学还原的单碱基分辨率测序技术，用于精准检测 RNA 中 N4 - 乙酰胞嘧啶（ac4C）修饰的分布与丰度。其核心原理是通过 NaBH₄将 ac4C 还原为四氢 - ac4C，导致 cDNA 合成时修饰位点产生 C→T 突变，结合高通量测序实现单碱基精度的修饰定位。该技术支持纳克级 RNA 起始量，可在单细胞水平解析 ac4C 动态，适用于 mRNA、tRNA 等多种类型 RNA 的全转录组分析。

RedaC:T-seq

BID-seq（Bisulfite Induced Deletion Sequencing）是芝加哥大学何川团队开发的单碱基分辨率假尿苷（Ψ）定量测序技术，通过亚硫酸氢盐处理将 Ψ 转化为 Ψ-BS 加合物，在逆转录时产生特异性缺失信号，实现全转录组范围内 Ψ 修饰的精准定位与化学计量分析。

碱基定量假尿苷：BID-seq

m1A（N1-methyladenosine）便是其中之一，该修饰在非编码RNA和mRNA上普遍存在，在人类细胞中，m1A存在于线粒体tRNA和细胞质tRNA的9位和第58位核糖腺苷酸上，m1A修饰在维持这些非编码RNA的结构和功能方面起着重要作用。除了存在于非编码RNA，在于哺乳动物mRNA上也存在m1A修饰，且在5’UTR区有较多的呈现。

m1A-meRIP-seq

5-甲基胞嘧啶（5-Methylcytosine，m5C），在RNA中广泛分布，早在上世纪70年代就已发现存在于mRNA上。当时由于技术的局限性，一直未能充分研究。近期研究发现mRNA m5C在哺乳动物中的分布十分保守，在不同组织中修饰的基因具有特异性。随着NGS的广泛应用，RNA修饰研究已是表观遗传领域的热点，而m5C-RIP-seq则是研究m5C修饰强有力的技术之一。

m5C-meRIP-seq

m7G修饰，是一种自带正电荷的RNA甲基化修饰，在甲基化转移酶的作用下，使RNA鸟嘌呤（G）的第七位氮原子加上甲基的一种化学修饰。m7G RNA甲基化修饰常存在于真核生物mRNA 5’帽子结构，具有调控 mRNA 的转运、翻译和剪切过程的作用，除了存在于5’帽子结构外，m7G也存在于tRNA和rRNA序列内部。

m7G-meRIP-seq

ac4C（N4-acetylcytidine，N4位乙酰胞嘧啶）是一种真核原生生物保守的化学修饰。首次发现于细菌tRNA met的反密码子第一位，其存在保证了翻译过程的准确性，近期研究显示mRNA上也存在大量的ac4C。该修饰可以促进蛋白翻译，影响RNA的稳定性与可变剪切，调控基因表达。

acRIP-seq

m6A修饰（N6-methyladenosine），是指在RNA腺嘌呤第6位氮原子上的甲基化修饰，修饰位点附近序列高度保守，随着NGS的广泛应用，RNA修饰得到了广泛研究，已是表观遗传领域的热点，而MeRIP-seq则是研究m6A修饰强有力的技术之一。

m6A-meRIP-seq

假尿苷（Ψ）-meRIP-seq 是一种结合免疫沉淀与高通量测序的技术，通过特异性抗假尿苷抗体富集含 Ψ 修饰的 RNA 片段，经测序分析可在全转录组水平鉴定假尿苷修饰位点及丰度。作为 RNA 中最常见的修饰（被誉为 "第五种核苷"），Ψ 通过碳 - 碳糖苷键连接增强 RNA 结构弹性，调控 RNA 稳定性、翻译功能及免疫识别等关键过程。该技术虽类似经典 m⁶A-meRIP-seq 原理，但聚焦于这一丰度仅次于 m⁶A 的修饰。

假尿苷（Ψ）-meRIP-seq

目前研究发现RNA结合蛋白（RNA-binding proteins，RBPs）是调节基因表达的关键因素。RBP功能缺失会导致很多疾病，例如神经病变，自身免疫缺陷和癌症等。为研究RBPs调控RNA的机制，涌现出大量的新技术如RNA免疫共沉淀（RNA immunoprecipitation，RIP），紫外交联免疫沉淀（crosslinking-immunoprecipitation，CLIP）等。

eCLIP-seq

RIP-seq

目前研究发现RNA结合蛋白（RNA-binding proteins，RBPs）是调节基因表达的关键因素。RBP功能缺失会导致很多疾病，例如神经病变，自身免疫缺陷和癌症等。鉴于此，为研究RBPs调控RNA的机制，涌现出大量的新技术。

IP MS

IP MS通过抗体捕获目标蛋白复合物结合质谱鉴定互作蛋白，高灵敏度检测低亲和力互作，解析蛋白质网络及修饰，适用于多种样本，广泛应用于信号通路、疾病研究等领域。

RIME MS（内源性蛋白快速免疫沉淀质谱技术）通过免疫沉淀结合质谱，高效分析染色质及转录因子复合物中内源性蛋白质的相互作用，具有快速、高灵敏度、无需表位标记等特点，是研究转录调控网络的重要工具。

RIME MS

经典中心法则指出DNA转录产生mRNA，而mRNA指导蛋白质的合成，蛋白质是生命活动的主要承担者。然而科学家们发现人类基因组中70%以上的DNA可以转录产生RNA，而具有编码蛋白能力的mRNA只占3%左右，说明多数转录的RNA分子都属于非编码RNA，对于RNA的翻译主要分为：不翻译，部分翻译，从头翻译，过度翻译。

Ribo-seq

代谢组学-靶向代谢和非靶向代谢

代谢组学研究生物体内小分子代谢物的组成、含量及动态变化，揭示生理、病理或外界干预的代谢规律。分为靶向与非靶向：非靶向无偏向检测尽可能多的代谢物，适用于探索性研究；靶向针对特定代谢物精准定性定量，用于验证或特定通路研究，两者相辅相成。

基质辅助激光解吸电离质谱成像MALDI-MSI

MALDI-MSI是一种强大的分析方法，它利用质谱通过分子质量测定来可视化特定化学成分（如生物标志物、代谢物、肽/蛋白质）的空间分布。基质辅助激光解吸电离（MALDI）具有空间分辨率和分子特异性，有助于对内源性和外源性化合物进行无标记跟踪。

宏代谢组学（metametabolomics）

宏代谢组学（metametabolomics）是研究微生物群落代谢产物的技术，通过高通量分析环境或生物样本中的小分子代谢物，揭示微生物群落的功能和相互作用。与传统代谢组学聚焦单一生物体不同，宏代谢组学关注微生物群落整体代谢，反映群落对环境变化的响应，为生态、医学和农业等领域提供关键功能信息。

CellScape超分辨单细胞空间蛋白质成像分析系统

CellScape平台支持超多重蛋白质的单细胞空间原位检测分析，并提供全套的解决方案。CellScape平台拥有先进的成像系统、自动化的流路设计、简化的工作流程，以前所未有的灵活性和可拓展性，加快了空间生物学研究从发现到转化的进程。

IP MS

IP MS通过抗体捕获目标蛋白复合物结合质谱鉴定互作蛋白，高灵敏度检测低亲和力互作，解析蛋白质网络及修饰，适用于多种样本，广泛应用于信号通路、疾病研究等领域。

RIME MS

RIME MS（内源性蛋白快速免疫沉淀质谱技术）通过免疫沉淀结合质谱，高效分析染色质及转录因子复合物中内源性蛋白质的相互作用，具有快速、高灵敏度、无需表位标记等特点，是研究转录调控网络的重要工具。

激光显微切割空间蛋白质组（LCM-MS）

激光捕获显微切割（Laser capture microdissection ，LCM）技术是在显微镜直视下利用激光将组织切片中特定区域的细胞切割并收集起来，相比于传统的细胞获取方法，LCM技术具有明显的优势：样品来源广泛，同时适用于福尔马林固定石蜡包埋的（FFPE）组织切片和OCT冷冻切片。

空间单细胞蛋白组学PhenoCycler™-Fusion（原名CODEX）

Akoya Biosciences创新性地推出了支持超多蛋白检测的PCF（PhenoCycler™-Fusion）蛋白组学分析平台，也被称为CODEX技术。PCF是一种创新性的高通量方法，完美实现了组织样本中在原位空间进行单个细胞层面研究多蛋白质表达的检测。

蛋白质组：定性、定量与靶向分析体系

蛋白质组研究中，蛋白质（组）定性 明确体系内蛋白组分，是基础认知；定量蛋白质组 解析蛋白丰度变化，挖掘动态规律；靶向蛋白质组 聚焦特定靶点，实现精准检测。三者互补，构建从 “是什么” 到 “多少” 再到 “精准追踪” 的研究路径 。

组织质谱流式成像技术（Imaging Mass Cytometry, IMC）

是基于质谱流式细胞技术（Mass Cytometry, CyTOF）的尖端空间组学平台，通过飞行时间质谱区分不同的金属同位素标签，在显著增加检测通道数量的同时，彻底解决了荧光标记物之间的串色问题。

宏蛋白组学（metaproteomics）

激光捕获显微切割（Laser capture microdissection ，LCM）技术是在显微镜直视下利用激光将组织切片中特定区域的细胞切割并收集起来，相比于传统的细胞获取方法，LCM技术具有明显的优势：样品来源广泛，同时适用于福尔马林固定石蜡包埋的（FFPE）组织切片和OCT冷冻切片。