• 环状RNA（circRNA）是一类由特殊剪接机制形成的、具有闭合环状结构、大量存在于真核转录组中的非编码RNA。CircRNA分子具有组织特异性、疾病特异性、时序特异性及高稳定性等特征，使得circRNA作为临床疾病的biomarker具有明显的优势。

    目前研究发现circRNA主要有3个功能：充当miRNA“海绵”、调节转录和剪接、与RNA结合蛋白相互作用。尤其是在不同物种能竞争性结合miRNA，从而解除这些miRNA对其他靶标的调控。而与疾病关联性miRNA的相互作用说明环状RNA对疾病的调控起着非常重要的作用。此外，一些内含子类型的环状RNA（ciRNA）会促进宿主基因的转录。

     

    CircRNA目前是生命科学和医学领域研究的热点分子。

    CircRNA-seq

  • 对于circRNA-seq数据，首先利用fastqc软件对原始数据进行质量评估；再使用STAR软件将原始数据比对到参考基因组；然后用cuffdiff软件分别对每例样本进行表达量计算，并对基因进行注释，差异基因分析（比较不同组之间的差别）。

     

    随后通过R包（如DEseq2，edgeR等），对差异基因数据进行进一步分析，并对靶基因进行GO和KEGG富集分析。

    分析流程

    构建RNA-seq文库，主要分为以下几步：

    1、提取总RNA

    2、分选富集

    3、反转录成cDNA

    4、磁珠纯化cDNA

    5、末端补平

    6、连接测序接头

    7、PCR扩增

    8、磁珠纯化DNA

    9、上机测序

    文库构建

  • 2017年6月，《Molecular Therapy》刊发了北京师范大学张文生教授团队的研究成果。该研究利用RNA-seq技术，对7月龄的快速老化模型 小鼠8（SAMP8）的脑组织进行基于circRNA的ceRNA作用网络的系统分析。

    研究结果表明，两组小鼠间存在有235个发生显著差异的 circRNA转录本（其中94个发生上调和141个发生下 调）。基于TPM分析，检测到两个组之间有30个发生显著 差异的miRNA，其中在SAMP8小鼠中有12个表达上调的miRNAs，在SAMP1小鼠中有18个表达上调的miRNAs。 最后利用FPKM鉴定出SAMP8小鼠中1,202个发 生显著差异的mRNA转录本，其中有716个转录本上调表 达，486个下调表达。

    利用研究中的RNA-seq数据，首次对SAMP8小鼠大脑中的一个 ceRNA网络进行了鉴定。选择了235个circRNA和1202个差异表达的mRNA，及MRE的常见结合位点（30个显著差异的miRNA）。

    结果显示，ceRNA网络覆盖了两种情况（图2A和4B）： 一种是circRNA（在SAMP8小鼠中上调）-miRNA（在SAMP8小 鼠中下调）-mRNA（在SAMP8小鼠中上调）的调控网络，另一 种是circRNA（在SAMP8小鼠中下调）-miRNA（在SAMP8小鼠 中上调）-mRNA（在SAMP8小鼠中下调）的调控网络。

  • RNA样品

    Total RNA: ≥10ug

     

     

     

    细胞或组织

     

    细胞量 ≥40million

     

    动物组织量 ≥1g，植物组织量 ≥3g

     

    建议样品制备 2~3 份，具体细节详询销售。