• 经典中心法则指出DNA转录产生mRNA，而mRNA指导蛋白质的合成，蛋白质是生命活动的主要承担者。然而科学家们发现人类基因组中70%以上的DNA可以转录产生RNA，而具有编码蛋白能力的mRNA只占3%左右，说明多数转录的RNA分子都属于非编码RNA，对于RNA的翻译主要分为：不翻译，部分翻译，从头翻译，过度翻译【1】。

    随着NGS的广泛应用，翻译组学研究迅速成为现代生命科学的热点之一，其中，核糖体印迹测序技术是该研究的利器之一（Ribosome profiling，Ribo-seq），该技术由Weissman课题组于2009年发表在Science杂志上【2】。此后相继应用到微生物、酵母、小鼠、人类组织、玉米、拟南芥、斑马鱼等多个物种研究上【3-4】。

    Ribo-seq

  • 对于Ribo-seq数据进行分析，首先利用fastqc软件对原始数据进行质量评估；再使用Bowtie软件将原始数据比对到参考基因组，比对去除支原体污染，去除核糖体reads；然后分别进行Ribo-seq的定量分析以及uORFs分布、motif序列分析等。若具有多种实验组样本，可挖掘各组样本间具有差异TE进行特异性分析等。

    分析流程

    通过对细胞使用翻译抑制剂，使正在翻译的核糖体固定在mRNA序列或者起始位点上。裂解细胞后在细胞裂解液中加入RNase，消化不受核糖体保护的mRNA，分离单一核糖体并提取纯化核糖体上未被消化的短片段mRNA，进行建库测序并上机测序。

    文库构建

  • 2015年11月，The plant jouranl发表了题为 Ribosome profiling reveals dynamic translational landscape in maize seedlings under drought stress的论文。该研究对正常和干旱条件下生长的玉米幼苗进行了Ribo-seq测序。对Ribo-seq数据和RNA-seq数据的比较分析表明，在转录水平上，基因表达的倍性变化与翻译水平的变化呈中度相关。然而，在干旱条件下，只有不到一半的响应基因被转录和翻译所共享，表明干旱胁迫可以独立地引起转录和翻译反应。发现在干旱胁迫下，931个基因的翻译效率发生了明显的变化。进一步分析表明，基因的翻译效率受其序列特征(GC含量、编码序列长度和归一化最小自由能)的影响较大。此外，在2558个基因上检测到3063个上游开放阅读框架(uORFs)的潜在翻译，这些uORFs可能影响下游主要开放阅读框架(mORFs)的翻译效率。研究表明，植物对干旱胁迫的反应具有高度动态的翻译机制，并与转录反应具有协同作用。

    全基因组TE分析发现基因的TE变幅达4000倍以上，表明大量基因经历了高度动态的翻译调控

  • 细胞样品

    选取新鲜细胞进行细胞计数，细胞数目在5×10^6到5×10^7/份，建议样品制备 2~3 份

    ，具体细节详询销售。

     

     

    动物组织

    选取新鲜组织，质量大于80-100mg/份，取样时剔除冗余部分，保证组织的单一性，

    建议取材后用生理盐水漂洗，以去除血渍和污物，液氮速冻，-80℃保存。

    建议样品制备 2~3 份。

     

     

    植物组织

    选取取幼嫩组织，如嫩叶，根尖，幼苗等，质量大于5g/份，建议取样后用清水漂洗去除污物，

    纸巾吸干水分后液氮速冻，-80℃保存。

    建议样品制备 2~3 份。