LncRNA-seq

除了mRNA转录本信息，RNA-seq技术可以用来研究不同类群的RNA，包括miRNA，tRNA，rRNA，lncRNA等。RNA-seq的最新进展还包括单细胞转录组学（single cell sequencing）和固定组织的原位测序。

RNA-seq

RNA sequencing检测某一特定时间点，生物样品中RNA的表达情况及定量的方法，可以用来研究分析细胞转录组在不同组织样品间基因表达差异情况、在时间轴上不同时间点连续的变化，以及转录本的可变剪切和SNP位点等。

目前认为eRNA（enhancer-derived RNA）是转录于基因组上增强子区域的 RNA。早期研究发现基因外（extragenic）及基因间区（intergenic）的 DNA 也可转录出 RNA，增强子转录的 RNA 分子（eRNA）过去认为是由 enhancer 折叠到靶基因 promoter 附近时，招募的 RNA 聚合酶 II 结合产生的 RNA 噪音。

eRNA-seq

目前对CircRNA的注释很全面了，CircRNA-seq基本原理是去识别反向剪切的位点(backsplice)。CircRNAd主要来源于外显子，同一个位点可能形成多个circRNA，每个circRNA可能包含一个或多个外显子。

CircRNA-seq

随着研究的深入，发现小分子RNA（micro RNA）行使着重要功能，结合NGS测序可以高效的研究其功能。

miRNA-seq