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    早期 CUT&Tag 测序，可以获取一群细胞在全基因组范围内与特定组蛋白、转录因子等互作的 DNA信息。但是要获得原生组织中细胞的空间信息仍然是一个巨大挑战。而Spatial CUT&Tag 的出现解决了这个难题，这对基因调控、表观遗传等领域的研究具有革命性的意义。随着近年来空间组学的兴起，空间多组学技术 (Spatiamulti-omics)成为了新一代的革命性组学工具。Spatial CUT&Tag 联合空间转录组测序分析，构成了 spatial CUT&Tag-RNA-seq (空间转录组- 表观组联合测序)。

    Spatial CUT&Tag 联合空间转录组测序分析，构成了 spatial CUT&Tag-RNA-seq (空间转录组- 表观组联合测序)。我司提供的技术服务spatial CUT&Tag-RNA-seq，可以同时检测一张组织切片上配对的转录组和表观调控组信息。其能够在空间和全基因组水平上观察表观遗传机制，及其如何在组织中控制转录表型和细胞形态，揭示组织结构中的空间表观遗传启动、分化和基因调控。

     

     Spatial CUT&Tag-RNA-seq

    更多内容 ꅀ

  •  Spatial CUT&Tag-RNA-seq：

    1.首先针对各组学数据进行基本的分析研究

    2.进行联合分析。

    3.通过FindVariableFeatures找出前3000个关键基因4.SCTransform用于数据的标准化，并使用PCA,UMAP等方式进行数据降维

    5.挑选前2个组分进行可视化展示，

    6.使用SLM算法进行聚类。

    分析流程

     Spatial CUT&Tag-RNA-seq文库构建和测序主要分为以下几步：

    1.制备组织的切片

    2.切片染色和成像

    3.切片透化、孵育、转座、原位逆转录

    4.空间条码(barcode)连接

    5.回收DNA、扩增建库

    6.高通量测序

    文库构建

  • 2023年3月15日，耶鲁大学樊荣教授团队和卡罗林斯卡学院Gonçalo Castelo-Branco教授团队合作，在《Nature》上在线发表了题为 Spatial epigenome–transcriptome co-profiling of mammalian tissues 的最新空间多组学技术。除了成功实现整个领域期待的在同一组织样品上实现总体染色质可及性和基因表达的联合空间组学分析（Spatial ATAC–RNA-seq），这个工作同时报道了三个特定的组蛋白修饰和基因表达的联合分析（Spatial CUT&Tag–RNA-seq），和单细胞数据整合显示这些技术达到了细胞水平或近单细胞分辨率。这个工作能够在空间和全基因组水平上观察表观遗传机制如何在组织中控制转录表型和细胞动态，揭示组织结构中空间表观遗传启动、分化和基因调控的新见解。该技术将在生命科学和生物医学研究领域引起广泛兴趣。

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    建议优先提供OCT包埋组织，效果最佳

    冰冻动物组织

    1、组织质量 > 100mg，并且组织新鲜;样本截面大小建议超过1.2cm X 1.2cm，不超过2cm*2cm。

    2、建议取材后用生理盐水漂洗，以去除血渍和污物，建议样品制备 1~2 份。

     

    包埋动物组织

    1、组织质量 > 100mg；关于组织大小：样本截面大小建议超过1.2cm X 1.2cm，不超过2cm*2cm。

    2、取样后按照包埋的流程将组织块包埋好，放于干净的离心管或者密封袋中，干冰寄送；建议样品备份1~2份.