内源性蛋白质快速免疫沉淀质谱技术RIME MS
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RIME MS（Rapid Immunoprecipitation Mass Spectrometry of Endogenous Proteins）是一项由数谱生物推出的先进技术服务，专注于分析内源蛋白质在染色质和转录因子-辅因子复合物中的相互作用。该技术通过直接捕获细胞核内蛋白质的相互作用网络，无需基因改造或表位标记，避免了实验干扰，并具有高灵敏度，能检测低亲和力和瞬时结合。结合ChIP-seq平行使用，RIME MS为基因表达调控机制提供了关键见解，填补了转录因子与辅因子关联研究的空白，推动基础科学和药物开发。 技术流程包括交联细胞、提取高纯度核蛋白，使用特异性抗体进行免疫沉淀以富集目标蛋白质复合物，再通过高分辨率质谱分析鉴定相互作用组。结合生物信息学解析，RIME MS生成详细的蛋白质-蛋白质相互作用网络和功能通路分析，如GO/pathway富集，揭示蛋白质在转录调控中的生物学相关性。这一高效方法在2-3天内完成，支持组织和细胞样本，为疾病机制研究和治疗应用提供可靠数据支持。 在乳腺癌案例中，RIME MS成功应用于分析雌激素受体ERα，识别出关键相互作用蛋白GREB1作为共激活因子，其富集水平预测了药物敏感性和良好临床结局。这一发现不仅深化了对转录网络的理解，还为靶向药物筛选和预后模型构建提供了潜在生物标志物，突显RIME MS在精准医学中的转化价值。
RIME MS
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1. 数据搜库：SpectroMine软件匹配人类蛋白库，按参数筛选（FDR≤0.01）。
2. 质控统计：统计蛋白和肽段数，TIC/BPC图评估质量。
3. 蛋白分布：韦恩图展示样本共有/特有蛋白。
4. 功能富集： - GO注释：从生物过程、细胞组分、分子功能富集，直方图呈现。 - KEGG分析：富集代谢通路，通路图和气泡图展示。
5. PPI网络：基于STRING数据库构建，图示互作关系及关键节点。 6. 结果输出：分类存于对应目录。
分析流程
1. 免疫沉淀： - 抗体偶联磁珠：磁珠洗涤后与抗体孵育，再洗涤纯化； - 细胞交联：甲醛交联细胞，甘氨酸猝灭，PBS洗涤并离心收集沉淀； - 细胞裂解物制备：LB1、LB2处理细胞，LB3重悬细胞核并超声破碎，加Triton X-100后离心取上清； - 免疫共沉淀：裂解液与抗体结合珠孵育，经RIPA buffer和AMBIC洗涤。
2. 质谱检测： - 胶内酶解：胶条切块后脱色、乙腈收缩，经DTT还原和IAA烷基化，胰酶酶解后提取肽段，脱盐干燥； - nanoLC-MS/MS检测：肽段经nano-UPLC系统分离，联用timsTOFPro2质谱仪以DDAPaSEF模式检测。
实验流程
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Rapid immunoprecipitation mass spectrometry of endogenous proteins (RIME) for analysis of chromatin complexes
在现代生物学研究中，探索蛋白质复合物及其相互作用对于理解细胞功能、疾病机制等至关重要。RIME（Rapid Immunoprecipitation Mass Spectrometry of Endogenous Proteins）技术应运而生，为研究蛋白质复合物，尤其是染色质和转录因子复合物，提供了一种快速且稳健的质谱分析手段。这项技术可与染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）实验并行，从而为特定蛋白质的顺反子组和相互作用组提供全面信息。 在名为“Rapid immunoprecipitation mass spectrometry of endogenous proteins (RIME) for analysis of chromatin complexes”的文献中，对RIME技术进行了详细阐述。该文献发表于《Nature Protocols》期刊，其影响因子颇高，具有重要的学术影响力。发表时间为2016年1月21日，doi号为10.1038/nprot.2016.020 。在该研究中，运用RIME技术，通过甲醛固定来稳定蛋白质复合物，使用针对内源性靶标的抗体，对交联复合物进行免疫沉淀、严格洗涤，随后将其消化成肽段，同时避免抗体污染（珠上消化）。借助此方法，利用100分钟的液相色谱-质谱/质谱（LC-MS/MS）运行，能够实现对目标蛋白质及数十种相互作用蛋白质的质谱鉴定。该实验方案无需专业的蛋白质组学知识，从材料收集到得出结果，通常仅需2至3天。 这一技术的出现，极大地推动了蛋白质复合物相关研究的进展，为后续深入探索细胞内分子机制奠定了坚实基础 。
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1、细胞或组织。
2、干冰运输。
3、建议提供备份样品。
注：具体送样细节，请咨询销售。
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