RIC-seq

RNA结构在基因表达调控的过程中扮演着重要角色，在细胞内，绝大多数RNA通过分子内的碱基配对可形成二级结构，并在RNA结合蛋白（RBP）的介导下折叠成复杂的三级结构，高度结构化的RNA通过与其他RNA分子相互作用以发挥生物学调控功能，因此解析细胞内RNA的原位高级结构及作用靶标是研究其功能机制的关键。

目前用于研究RNA结构和分子间相互作用，以及与蛋白相互作用的高通量测序技术很多，比如：CLIP、iCLIP、Structure-seq、DMS-seq、CLASH、icSHAPE、PARIS以及hiCLIP等，但是这些方法存在一些局限性。

针对以上问题，2020年5月，中科院团队开发了全新的RNA高级结构的研究方法RIC-seq（RNA in situ conformation sequencing technology），该技术原理重点在“原位”概念，原位是指在保持细胞完整性的前提下，对所有空间上邻近的RNA进行近端连接、筛选和测序（图2-1），非编码RNA发挥功能需要跟其他的RNA分子互作，这些互作被称为“靶标”，只有准确地鉴定靶标才能推导非编码RNA跟其他RNA分子作用的规律，以及作用后如何影响靶标RNA的稳定性、翻译和定位等。

新技术诞生后都需要做大量验证以确定其准确度、可重复性和假阳性率，通过比较和实验验证，相比现有lncRNA的二、三级结构，RIC-seq技术表现更好。RIC-seq可以“一网打尽”式的鉴定出细胞内各种RNA-RNA空间相互作用，包括以前看不到的RNA三级空间邻近相互作用。RIC-seq数据，既能检测RNA的高级结构，也能准确鉴定各种lncRNA的作用靶标，能够用于lncRNA结构及功能研究。此外，该技术在病毒RNA的结构和靶标研究方面也有广阔的应用前景(Cai et al., 2020)。