Circle-seq

环状DNA是自然界中普遍存在的一种DNA分子形式，如，细菌基因组DNA、质粒、线粒体DNA等。在真核生物中还有一类特殊的环状DNA分子，它们是从正常基因组中分离或脱落下来，游离于染色体基因组之外，以特殊的方式参与生理或病理过程。鉴于它们是独立于染色质之外的DNA分子，便统称为染色体外DNA（ecDNA），由于多是环状形式，因此统称为染色质外环状DNA（eccDNA），报道发现它们存在于多个物种，如，酵母、线虫、果蝇、哺乳动物、植物等。早在在20世纪60年代，ecDNA便以双微小体的形式被发现，但在全基因组水平上的研究未曾有之。

目前研究eccDNA强有力的方式之一是Circle-seq技术，基于质粒提取、酶切消化和高通量测序技术，根据线性DNA和环状DNA结构和化学性质的差异性，将裂解细胞通过柱纯化、去除线性DNA、滚环式扩增，三大步骤进行eccDNA的富集，结合高通量测序获取eccDNA的序列信息(Moller, Parsons et al. 2015)。