•       TRAC-seq（tRNA 修饰还原与切割测序）是一种革命性的高通量测序技术，可在单核苷酸分辨率下精准解析 tRNA 的N⁷- 甲基鸟苷（m⁷G）修饰图谱。该技术通过化学处理（如 NaBH₄还原与苯胺特异性切割），使 m⁷G 修饰位点产生特征性断裂信号，结合深度测序与生物信息学分析，不仅能定位修饰位点，还能量化修饰水平。

           相较于传统方法，TRAC-seq 突破了分辨率限制，首次实现了全基因组范围内 tRNA 修饰的系统性分析，为揭示 tRNA 修饰的动态调控机制提供了关键工具。其高通量特性兼容大规模样本检测，适用于组学研究、疾病标志物筛选等多场景。

     

    TRAC-seq

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    ​​1、数据质控​​：FastQC 评估原始测序数据质量 ​​

    2、接头处理​​：cutadapt 去除3'端接头序列

    ​​3、长度筛选​​：cutadapt 过滤长度<15nt的短序列 ​​

    4、参考基因组​​：samtools 建立基因组索引 ​​

    5、tRNA注释​​：tRNAscan-SE 生成成熟tRNA序列信息

    ​​6、序列比对​​：Bowtie2 将reads比对到tRNA参考序列 ​​

    7、覆盖度分析​​：自定义脚本 生成tRNA覆盖度图谱

    ​​8、修饰识别​​：log2切割比计算 筛选m7G候选位点(阈值>6)

    ​​9、差异分析​​：DESeq2 检测组间差异修饰位点 ​​

    10、Motif挖掘​​：MEME+HOMER 分析保守序列模式

    对于获得下机测序数据后，分析流程如下：

    1、数据过滤：去接头、低质量 reads，筛除非 tRNA 序列。

    2、序列比对：映射至 tRNA 参考序列，算表达量（RPM）。

    3、修饰定位：分析切割 reads，算切割分数（Cleavage Score）。

    4、差异分析：筛差异修饰 tRNA，关联翻译数据。

    5、功能验证：富集分析 + 实验验证修饰水平。

    文库构建

    分析流程

  •         在生命科学研究不断深入探索表观转录组调控机制的进程中，TRAC-seq（tRNA Reduction and Cleavage Sequencing）技术作为解析 RNA 修饰的关键工具，正引领着单细胞功能基因组学的研究突破。2021 年，中山大学研究团队于《Molecular Cell》（影响因子 19.328，2023 年最新数据）发表的研究论文《N⁷-Methylguanosine tRNA modification enhances oncogenic mRNA translation and promotes intrahepatic cholangiocarcinoma progression》（发表时间：2021 年 8 月 19 日，DOI: 10.1016/j.molcel.2021.07.003），借助 TRAC-seq 技术首次系统揭示了 N⁷- 甲基鸟苷（m⁷G）tRNA 修饰在肝内胆管癌（ICC）进展中的关键作用，为理解 tRNA 修饰介导的基因表达调控提供了全新视角。

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            该技术通过 NaBH₄/ 苯胺化学切割特异性标记 m⁷G 位点，结合高通量测序实现单核苷酸分辨率的 tRNA 修饰图谱分析，突破了传统技术在微量样本和动态修饰检测中的局限性，成为连接表观修饰与翻译调控的重要桥梁，推动着从基础科研到临床转化的多维度科学探索。

  • 样本类型（不限物种）：

    1．Total RNA

    2．动物组织或者植物组织

    3．细胞样本

    注 ：具体送样细节 ，请咨询销售。

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